88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2622 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  100 
 
 		 199 aa  390  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  56.77 
 
 		 196 aa  194  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  61.44 
 
 		 192 aa  180  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  52.83 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  50.9 
 
 		 181 aa  159  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  53.12 
 
 		 181 aa  159  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  51.61 
 
 		 173 aa  156  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  48.45 
 
 		 180 aa  155  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  48 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  51.9 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  45.25 
 
 		 188 aa  150  8.999999999999999e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  49.69 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  46.79 
 
 		 163 aa  149  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  47.9 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  48.78 
 
 		 181 aa  149  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  47.5 
 
 		 181 aa  148  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  50.67 
 
 		 181 aa  147  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  54.23 
 
 		 147 aa  147  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  50 
 
 		 200 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  46.67 
 
 		 186 aa  145  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  50 
 
 		 181 aa  145  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  45.29 
 
 		 310 aa  145  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  50 
 
 		 171 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  43.29 
 
 		 171 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  46.43 
 
 		 181 aa  144  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  46.25 
 
 		 181 aa  142  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  47.53 
 
 		 180 aa  141  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  48.3 
 
 		 181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  48.1 
 
 		 181 aa  138  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  48.1 
 
 		 181 aa  138  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  48.68 
 
 		 186 aa  138  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  43.79 
 
 		 181 aa  136  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  56.2 
 
 		 172 aa  135  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  49.32 
 
 		 192 aa  134  7.000000000000001e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  48.08 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  42.16 
 
 		 195 aa  108  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  47.55 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  43.84 
 
 		 177 aa  104  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  43.31 
 
 		 199 aa  102  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  45.22 
 
 		 203 aa  101  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  42.62 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  44.37 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  42.68 
 
 		 195 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.7 
 
 		 183 aa  99.4  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  39.11 
 
 		 195 aa  98.6  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  42.77 
 
 		 174 aa  97.4  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  43.4 
 
 		 195 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  43.31 
 
 		 195 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  42.77 
 
 		 199 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  40.51 
 
 		 192 aa  94.7  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  41.4 
 
 		 195 aa  94.7  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  38.85 
 
 		 179 aa  94.7  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.76 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  41.46 
 
 		 203 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.76 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  40.76 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  32.34 
 
 		 187 aa  88.6  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  40.48 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.83 
 
 		 203 aa  85.1  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  38.69 
 
 		 175 aa  85.1  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  41.1 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.57 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  30.36 
 
 		 168 aa  78.2  0.00000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  41.5 
 
 		 169 aa  76.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  43.15 
 
 		 177 aa  75.1  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  33.87 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  30.9 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.5 
 
 		 177 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  37.32 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.67 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.79 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  33.33 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.95 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  31.76 
 
 		 181 aa  64.3  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  29.05 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  29.75 
 
 		 190 aa  52.4  0.000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  30.14 
 
 		 178 aa  51.2  0.000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  28.21 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  25.6 
 
 		 174 aa  47  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6803  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.82 
 
 		 169 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  26.09 
 
 		 174 aa  46.2  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  28.48 
 
 		 162 aa  45.4  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1533  hypothetical protein  30.67 
 
 		 194 aa  45.4  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.66536 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  28 
 
 		 158 aa  44.3  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4209  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  25 
 
 		 168 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000149258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  27.4 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  27.4 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1091  conjugation signal peptidase TraF, putative  29.55 
 
 		 184 aa  42.7  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.832748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>