70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0276 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  100 
 
 		 196 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  87.71 
 
 		 181 aa  328  4e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  87.71 
 
 		 181 aa  326  1.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  33.11 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  32.65 
 
 		 173 aa  68.2  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  32.24 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  30.95 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  31.21 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.46 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  35.81 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  31.17 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  29.33 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  31.55 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.95 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  27.84 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  32.68 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  30.41 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  29.87 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  30.46 
 
 		 192 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  31.17 
 
 		 181 aa  57.8  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  28.75 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  29.88 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  31.25 
 
 		 147 aa  55.1  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  30.72 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  30.72 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  28.57 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.69 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  28.05 
 
 		 174 aa  53.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  28.95 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.33 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  28.39 
 
 		 181 aa  52.8  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  28.02 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  29.22 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.87 
 
 		 172 aa  51.6  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  29.66 
 
 		 192 aa  51.2  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  28.57 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  28.28 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  28.41 
 
 		 174 aa  50.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.28 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  28.33 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  27.27 
 
 		 177 aa  49.7  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  27.78 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.73 
 
 		 199 aa  48.9  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  27.33 
 
 		 177 aa  48.9  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  27.65 
 
 		 180 aa  48.9  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  28.12 
 
 		 203 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  26.75 
 
 		 181 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  27.66 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  28.33 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  27.66 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  29.94 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.11 
 
 		 199 aa  47.8  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  28.33 
 
 		 199 aa  46.6  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  26.95 
 
 		 171 aa  47  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  26.09 
 
 		 196 aa  47.4  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  27.54 
 
 		 177 aa  45.8  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  29.61 
 
 		 183 aa  45.4  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  25.95 
 
 		 186 aa  45.4  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1091  conjugation signal peptidase TraF, putative  32.14 
 
 		 184 aa  45.1  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.832748  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  28.4 
 
 		 188 aa  45.1  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  26.32 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  28 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  27.93 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  35.42 
 
 		 191 aa  43.5  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  27.78 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  30.69 
 
 		 203 aa  43.1  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  23.31 
 
 		 168 aa  42.7  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  28.48 
 
 		 199 aa  42  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  27.95 
 
 		 195 aa  42.4  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  25 
 
 		 220 aa  41.2  0.01  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>