83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2090 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  100 
 
 		 177 aa  348  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  55 
 
 		 195 aa  168  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  53.93 
 
 		 174 aa  167  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  56 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  53.89 
 
 		 199 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  56.67 
 
 		 199 aa  161  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  62.5 
 
 		 183 aa  160  6e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  57.33 
 
 		 199 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  57.33 
 
 		 203 aa  157  7e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  55.17 
 
 		 195 aa  157  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  56 
 
 		 199 aa  156  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  58.67 
 
 		 195 aa  154  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  51.69 
 
 		 195 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  59.71 
 
 		 191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  53.33 
 
 		 195 aa  150  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  58 
 
 		 195 aa  149  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  58 
 
 		 195 aa  149  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  57.33 
 
 		 195 aa  149  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  53.33 
 
 		 203 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  54.67 
 
 		 199 aa  143  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  51.11 
 
 		 203 aa  142  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  36.84 
 
 		 180 aa  107  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  43.17 
 
 		 192 aa  106  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  42.86 
 
 		 196 aa  105  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  37.95 
 
 		 171 aa  104  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  43.84 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.39 
 
 		 147 aa  103  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  41.13 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  40.43 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  41.13 
 
 		 181 aa  101  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  43.26 
 
 		 192 aa  100  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  39.72 
 
 		 181 aa  99.8  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  38.41 
 
 		 181 aa  99  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  39.08 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  37.72 
 
 		 181 aa  99.4  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  36.42 
 
 		 163 aa  98.2  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  38.32 
 
 		 181 aa  97.4  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  36.84 
 
 		 186 aa  97.1  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  36.42 
 
 		 181 aa  97.4  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  36.42 
 
 		 181 aa  97.4  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  37.72 
 
 		 201 aa  96.3  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  38.3 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  40.43 
 
 		 181 aa  95.9  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  36.42 
 
 		 171 aa  95.5  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  37.58 
 
 		 209 aa  94.7  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  37.13 
 
 		 181 aa  94  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  37.32 
 
 		 192 aa  92.8  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  36.11 
 
 		 188 aa  92.8  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  33.91 
 
 		 186 aa  92  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  34.13 
 
 		 310 aa  92  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  35 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  37.59 
 
 		 181 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  35.93 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  37.14 
 
 		 180 aa  89.4  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  34.71 
 
 		 181 aa  88.2  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  36.14 
 
 		 181 aa  87.8  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  39.58 
 
 		 172 aa  84  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  33.33 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  31.94 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  28.99 
 
 		 175 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  31.4 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  35.62 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  39.33 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  35.33 
 
 		 178 aa  68.2  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  31.43 
 
 		 168 aa  66.2  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  34.78 
 
 		 177 aa  62  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  34.44 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  34.44 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  31.58 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.43 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.56 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.56 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.24 
 
 		 177 aa  54.7  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  28.42 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  28.82 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  28.02 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  27.59 
 
 		 181 aa  51.2  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  32.21 
 
 		 178 aa  50.8  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  30.87 
 
 		 188 aa  48.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  28.85 
 
 		 174 aa  45.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  32.58 
 
 		 189 aa  44.3  0.0008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  29.73 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4209  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  25.45 
 
 		 168 aa  42  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000149258  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>