80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5513 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  100 
 
 		 188 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  56.68 
 
 		 188 aa  204  9e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  59.74 
 
 		 176 aa  188  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  54.55 
 
 		 176 aa  177  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  55.33 
 
 		 169 aa  174  6e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  53.5 
 
 		 177 aa  171  6.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  49.71 
 
 		 177 aa  163  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  31.41 
 
 		 162 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  34 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  31.43 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  26.67 
 
 		 178 aa  73.6  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  39.6 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  28.41 
 
 		 174 aa  72  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  32.58 
 
 		 177 aa  71.2  0.000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  37.79 
 
 		 199 aa  67  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  30.87 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  30.87 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  40.82 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  35.42 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  33.99 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  29.94 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  35.17 
 
 		 173 aa  58.2  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  38.19 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  38.62 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  33.12 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  32.32 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  34.27 
 
 		 191 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  34.55 
 
 		 181 aa  52.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  33.1 
 
 		 181 aa  52.4  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  31.29 
 
 		 203 aa  52  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.86 
 
 		 199 aa  51.6  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  32.72 
 
 		 195 aa  51.6  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  33.94 
 
 		 188 aa  51.2  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  35.54 
 
 		 181 aa  50.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.13 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  35.17 
 
 		 171 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  31.29 
 
 		 171 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  34 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  33.12 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  33.33 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  35.62 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  32.58 
 
 		 184 aa  48.9  0.00005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  33.33 
 
 		 195 aa  48.5  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  30.87 
 
 		 177 aa  48.5  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1836  signal peptidase I  28.12 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.387891  normal  0.998113 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  33.11 
 
 		 181 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  33.33 
 
 		 181 aa  48.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  32.08 
 
 		 195 aa  47.8  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  31.97 
 
 		 201 aa  47.8  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  28.66 
 
 		 174 aa  47  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  32.7 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  31.45 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  35.37 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  36.55 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  31.45 
 
 		 199 aa  46.2  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  33.33 
 
 		 181 aa  46.2  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  27.93 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  31.45 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  33.79 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  33.33 
 
 		 200 aa  45.4  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  33.56 
 
 		 172 aa  45.4  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  32.47 
 
 		 195 aa  45.4  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  31.91 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3026  signal peptidase I  29.32 
 
 		 262 aa  43.9  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.102101  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  30.61 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  29.66 
 
 		 147 aa  44.3  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0487  thylakoidal processing peptidase  30 
 
 		 220 aa  44.3  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0584817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  33.33 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  39.08 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  28.17 
 
 		 181 aa  43.5  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5885  predicted protein  26.92 
 
 		 199 aa  43.5  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  27.34 
 
 		 190 aa  43.5  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  32.47 
 
 		 195 aa  42.7  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  27.46 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  31.82 
 
 		 195 aa  42.7  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  35.35 
 
 		 207 aa  42.4  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1226  signal peptidase I  30.58 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  31.51 
 
 		 181 aa  41.6  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  33.53 
 
 		 193 aa  41.6  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  32.45 
 
 		 181 aa  41.2  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>