94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2531 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  100 
 
 		 174 aa  356  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  32.21 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  27.81 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  30.53 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  27.39 
 
 		 178 aa  60.5  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  31.75 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  38.14 
 
 		 177 aa  57.4  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  31.21 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  32.56 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  28.05 
 
 		 196 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  31.51 
 
 		 181 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  32.06 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  32.06 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  29.87 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  28.38 
 
 		 181 aa  52.4  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  30 
 
 		 181 aa  51.6  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  28.77 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4209  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  31.65 
 
 		 168 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000149258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  29.53 
 
 		 181 aa  49.7  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  29.22 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  29.5 
 
 		 188 aa  49.7  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  30.88 
 
 		 181 aa  49.7  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.51 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  29.73 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  39.24 
 
 		 203 aa  49.3  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  25.9 
 
 		 177 aa  49.3  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  38.96 
 
 		 195 aa  48.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  33.07 
 
 		 175 aa  48.5  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  28.67 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.96 
 
 		 195 aa  48.1  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  31.25 
 
 		 176 aa  48.5  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0097  type IV conjugative transfer system signal peptidase  33.02 
 
 		 176 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.120482 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  24.49 
 
 		 180 aa  47  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  25.68 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4158  signal peptidase I  32.73 
 
 		 229 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.96 
 
 		 195 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  38.96 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4311  signal peptidase I  32.73 
 
 		 223 aa  46.6  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4289  signal peptidase I  32.73 
 
 		 223 aa  46.6  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  28.57 
 
 		 192 aa  46.2  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  26.09 
 
 		 199 aa  46.2  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.94 
 
 		 172 aa  45.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  27.97 
 
 		 188 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  36 
 
 		 192 aa  45.8  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  29.03 
 
 		 158 aa  46.2  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.96 
 
 		 199 aa  45.8  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  37.66 
 
 		 199 aa  45.8  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  38.96 
 
 		 199 aa  45.4  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3026  signal peptidase I  30.09 
 
 		 262 aa  45.4  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.102101  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  37.66 
 
 		 195 aa  45.4  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  28.22 
 
 		 176 aa  45.1  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  37.66 
 
 		 191 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  38.46 
 
 		 195 aa  44.7  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  38.96 
 
 		 203 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  25.17 
 
 		 181 aa  44.7  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  40 
 
 		 195 aa  44.7  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  29.68 
 
 		 188 aa  44.3  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.96 
 
 		 203 aa  44.3  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1531  signal peptidase I  29.46 
 
 		 230 aa  44.3  0.0009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.347423  normal  0.266743 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  29.93 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  37.97 
 
 		 199 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  25.85 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  31.25 
 
 		 187 aa  44.3  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  31.54 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1864  signal peptidase I  29.36 
 
 		 230 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2165  Type IV secretory pathway protease TraF-like  28.57 
 
 		 174 aa  43.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  26.8 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1153  signal peptidase I  37.66 
 
 		 434 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.573938  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0184  signal peptidase I  30.88 
 
 		 208 aa  42.4  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5885  predicted protein  36 
 
 		 199 aa  42.7  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  24.52 
 
 		 177 aa  42.7  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0250  signal peptidase I  26.85 
 
 		 197 aa  42.4  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.904614  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  37.66 
 
 		 199 aa  42.4  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  29.31 
 
 		 184 aa  41.6  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1729  signal peptidase I  39.66 
 
 		 297 aa  41.6  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0972  signal peptidase I  32.11 
 
 		 184 aa  41.6  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1853  signal peptidase I  32.43 
 
 		 245 aa  41.6  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.687147  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  28.29 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  36.36 
 
 		 174 aa  41.6  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0542  signal peptidase I  39.66 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.112839  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1790  signal peptidase I  39.66 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2841  signal peptidase I  39.66 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2780  signal peptidase I  39.66 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2814  signal peptidase I  39.66 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2467  signal peptidase I  39.66 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2896  signal peptidase I  39.66 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  27.21 
 
 		 180 aa  41.2  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  26.9 
 
 		 181 aa  41.2  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  26.9 
 
 		 181 aa  41.2  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  26.58 
 
 		 186 aa  41.2  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3254  signal peptidase I  28.39 
 
 		 267 aa  41.2  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  26.85 
 
 		 310 aa  41.2  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2187  signal peptidase I  31.86 
 
 		 261 aa  41.2  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0439967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1641  signal peptidase I  27.56 
 
 		 185 aa  40.8  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000347267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>