113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1200 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 181 aa  362  2e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  100 
 
 		 181 aa  362  2e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  61.96 
 
 		 181 aa  234  6e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  60.77 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  60.77 
 
 		 181 aa  229  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  61.29 
 
 		 181 aa  223  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  58.01 
 
 		 181 aa  215  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  60 
 
 		 181 aa  213  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  55.98 
 
 		 181 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  54.7 
 
 		 181 aa  202  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  55.8 
 
 		 181 aa  202  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  53.04 
 
 		 181 aa  201  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  53.04 
 
 		 181 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  53.67 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  51.38 
 
 		 181 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  59.73 
 
 		 163 aa  184  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  52.49 
 
 		 180 aa  182  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  51.16 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  55.56 
 
 		 171 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  54.3 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  48.62 
 
 		 181 aa  167  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  48.55 
 
 		 310 aa  161  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  50.63 
 
 		 200 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  49.09 
 
 		 188 aa  155  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  47.27 
 
 		 180 aa  154  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  52.56 
 
 		 196 aa  152  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  44.44 
 
 		 171 aa  151  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  49.7 
 
 		 209 aa  150  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  46.47 
 
 		 186 aa  144  6e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  47.06 
 
 		 192 aa  139  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  48.1 
 
 		 199 aa  138  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  50.7 
 
 		 192 aa  137  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  46.81 
 
 		 147 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  45.73 
 
 		 173 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  41.29 
 
 		 195 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  42.76 
 
 		 199 aa  110  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  42.76 
 
 		 203 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  40.65 
 
 		 199 aa  108  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.91 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  39.61 
 
 		 195 aa  104  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.06 
 
 		 195 aa  104  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  41.94 
 
 		 195 aa  104  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  42.66 
 
 		 191 aa  103  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40.26 
 
 		 199 aa  104  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  36.78 
 
 		 195 aa  103  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  45.32 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  37.66 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  39.44 
 
 		 199 aa  99  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  38.32 
 
 		 203 aa  98.6  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.42 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  37.01 
 
 		 203 aa  96.7  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  39.35 
 
 		 195 aa  96.3  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  39.58 
 
 		 192 aa  94.4  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  40 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  40 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  39.35 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  36.93 
 
 		 183 aa  91.7  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  33.1 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  30.43 
 
 		 175 aa  71.6  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  29.45 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  32.17 
 
 		 176 aa  69.3  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  32.79 
 
 		 220 aa  68.9  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  29.27 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  29.2 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  30.72 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  30.52 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.75 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  29.93 
 
 		 162 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  29.41 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.1 
 
 		 169 aa  51.2  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.47 
 
 		 176 aa  50.1  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  36.19 
 
 		 177 aa  48.9  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1804  signal peptidase I  29.36 
 
 		 178 aa  48.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0785426  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1523  signal peptidase I  29.47 
 
 		 178 aa  47.8  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000512014  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3123  Signal peptidase I U  27.72 
 
 		 183 aa  47  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.028916  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2884  Signal peptidase I U  27.72 
 
 		 183 aa  47  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0198691  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2851  signal peptidase I  27.72 
 
 		 183 aa  47  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369909  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2812  signal peptidase I  27.72 
 
 		 183 aa  47  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0931  thylakoidal processing peptidase  31.19 
 
 		 190 aa  47.4  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.778333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3099  Signal peptidase I U  27.72 
 
 		 183 aa  47  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0167599  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3122  Signal peptidase I U  27.72 
 
 		 183 aa  47  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000326894  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3104  Signal peptidase I U  27.72 
 
 		 183 aa  47  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00350  signal peptidase I  29.47 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0652665  hitchhiker  0.0000000236329 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3090  Signal peptidase I U  26.79 
 
 		 183 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2146  Signal peptidase I U  26.79 
 
 		 183 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  32.41 
 
 		 188 aa  45.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0184  signal peptidase I  29.58 
 
 		 208 aa  45.8  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3637  signal peptidase I  25.36 
 
 		 325 aa  45.1  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.034698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4209  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  29.11 
 
 		 168 aa  45.1  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000149258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3240  signal peptidase I  26.67 
 
 		 342 aa  44.7  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80129  normal  0.013129 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2064  signal peptidase I  28.97 
 
 		 186 aa  44.7  0.0007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0525582  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2878  signal peptidase I  26.73 
 
 		 183 aa  44.7  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.293282  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9241  predicted protein  29.41 
 
 		 178 aa  44.7  0.0007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.128957  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2254  signal peptidase I  24.82 
 
 		 299 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  28.26 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11010  signal peptidase I  25 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0396418  hitchhiker  0.0000000342389 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4176  hypothetical protein  30.3 
 
 		 158 aa  43.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0912221 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  26.14 
 
 		 177 aa  43.5  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0918  signal peptidase I  28.24 
 
 		 271 aa  43.1  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4839  signal peptidase I  29.79 
 
 		 209 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>