More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0600 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0600  signal peptidase I  100 
 
 
322 aa  662    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000224318 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0648  signal peptidase I  68.42 
 
 
322 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0465019  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3637  signal peptidase I  63.35 
 
 
325 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.034698  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1741  peptidase S26A, signal peptidase I  63.24 
 
 
321 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0212318  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3063  signal peptidase I  61.06 
 
 
325 aa  410  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0636923  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1194  signal peptidase I  63.98 
 
 
324 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.992009  decreased coverage  0.00558378 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5263  signal peptidase I  61.8 
 
 
325 aa  398  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2622  signal peptidase I  62.73 
 
 
322 aa  394  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3269  signal peptidase I  63.04 
 
 
322 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0671154 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1400  signal peptidase I  59.94 
 
 
321 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3240  signal peptidase I  53.69 
 
 
342 aa  351  8.999999999999999e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80129  normal  0.013129 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2254  signal peptidase I  56.71 
 
 
299 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1091  signal peptidase I  55.15 
 
 
297 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.5937  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2171  signal peptidase I  54.05 
 
 
297 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0653  peptidase S26A, signal peptidase I  55.15 
 
 
297 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1133  signal peptidase I  55.15 
 
 
297 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0991  signal peptidase I  56.81 
 
 
297 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0050867  normal  0.048804 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0926  signal peptidase I  56.48 
 
 
297 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.592083  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2420  signal peptidase I  55.48 
 
 
299 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133024  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4245  signal peptidase I  54.49 
 
 
297 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.990616  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1009  signal peptidase I  54.85 
 
 
297 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.225972  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1013  signal peptidase I  54.85 
 
 
297 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1061  signal peptidase I  54.43 
 
 
305 aa  324  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.298061 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0542  signal peptidase I  55.52 
 
 
297 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.112839  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2467  signal peptidase I  55.52 
 
 
297 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2896  signal peptidase I  55.52 
 
 
297 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1729  signal peptidase I  55.74 
 
 
297 aa  323  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2814  signal peptidase I  55.52 
 
 
297 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2780  signal peptidase I  55.52 
 
 
297 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2841  signal peptidase I  55.52 
 
 
297 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1790  signal peptidase I  55.52 
 
 
297 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2027  signal peptidase I  64.26 
 
 
262 aa  318  7e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0626675  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2900  signal peptidase I  52.84 
 
 
297 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0185771  normal  0.669107 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0840  signal peptidase I  53.87 
 
 
297 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00439997  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0412  signal peptidase I  53 
 
 
268 aa  309  4e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1084  signal peptidase I  52.51 
 
 
297 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.365204  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0405  signal peptidase I  51.67 
 
 
268 aa  302  4.0000000000000003e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.301469  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2314  signal peptidase I  59.65 
 
 
262 aa  291  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376874  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2088  signal peptidase I  50.67 
 
 
269 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1752  peptidase S26A, signal peptidase I  57.74 
 
 
268 aa  278  7e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1630  signal peptidase I  52.54 
 
 
267 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0207153  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0861  signal peptidase I  44.41 
 
 
248 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0146841 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1005  signal peptidase I  44.41 
 
 
248 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0514766 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2247  signal peptidase I  45.76 
 
 
263 aa  232  6e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1245  signal peptidase I  42.57 
 
 
274 aa  230  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.181866  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2460  peptidase S26A, signal peptidase I  51.5 
 
 
270 aa  230  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0733  peptidase S26A, signal peptidase I  48.71 
 
 
255 aa  224  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000686529  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1465  signal peptidase I  48.5 
 
 
262 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4751  signal peptidase I  43.65 
 
 
284 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0616225  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54350  signal peptidase I  43.65 
 
 
284 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1072  signal peptidase I  44.55 
 
 
284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13750  signal peptidase I  42.35 
 
 
283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4289  signal peptidase I  49.05 
 
 
284 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002496  signal peptidase I  40.74 
 
 
299 aa  215  7e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0519159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2849  signal peptidase I  38.94 
 
 
305 aa  215  7e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0206128  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2931  signal peptidase I  38.94 
 
 
305 aa  215  7e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0311128  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3027  signal peptidase I  38.94 
 
 
305 aa  215  9e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000684552  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1432  signal peptidase I  48.67 
 
 
284 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.393267  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03537  signal peptidase  40.74 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3670  signal peptidase I  38.11 
 
 
325 aa  215  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4375  signal peptidase I  48.29 
 
 
284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.272416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1147  Signal peptidase I  39.8 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000185511  normal  0.576512 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2786  signal peptidase I  38.32 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0394004  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2040  signal peptidase I  39.53 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0825162  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1200  signal peptidase I  39.34 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00231216  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1090  signal peptidase I  45.68 
 
 
267 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.21498  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1244  signal peptidase I  39.34 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000321734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1277  signal peptidase I  39.34 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0693352  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3113  signal peptidase I  39.34 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00010376  normal  0.0138648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1158  signal peptidase I  39.2 
 
 
305 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066351  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1067  signal peptidase I  39.25 
 
 
322 aa  212  7e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1390  signal peptidase I  40.53 
 
 
266 aa  211  1e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2723  signal peptidase I  39.08 
 
 
324 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0835548  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02462  leader peptidase (signal peptidase I)  38.96 
 
 
324 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1100  signal peptidase I  38.96 
 
 
324 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00559358  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2721  signal peptidase I  38.96 
 
 
324 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.010044  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1347  signal peptidase I  39.27 
 
 
305 aa  210  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1036  signal peptidase I  38.67 
 
 
305 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00141491  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3953  Signal peptidase I  42.27 
 
 
284 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0993  signal peptidase I  45.77 
 
 
284 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1109  signal peptidase I  38.96 
 
 
324 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3805  signal peptidase I  38.96 
 
 
324 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0594788  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2854  signal peptidase I  38.96 
 
 
324 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0168812  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2933  signal peptidase I  38.96 
 
 
324 aa  211  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.173201  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2526  signal peptidase I (leader peptidase I)  40.4 
 
 
300 aa  210  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0283141  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4219  signal peptidase I  41.1 
 
 
284 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0233251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3610  signal peptidase I  37.04 
 
 
332 aa  208  8e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0291882  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1188  signal peptidase I  37.04 
 
 
332 aa  208  9e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.234081  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1135  signal peptidase I  37.04 
 
 
332 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0055929  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1242  signal peptidase I  39.67 
 
 
305 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000742839  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2930  signal peptidase I  39.74 
 
 
304 aa  208  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.242953  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2462  peptidase S26A, signal peptidase I  39.39 
 
 
304 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1473  signal peptidase I  45.2 
 
 
284 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199887  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0879  Signal peptidase I  39.14 
 
 
305 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510509  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1203  signal peptidase I  38.46 
 
 
321 aa  206  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.292281  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3055  signal peptidase I  38.77 
 
 
324 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394235  normal  0.0107141 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3072  signal peptidase I  38.96 
 
 
321 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0190476  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2767  peptidase S26A, signal peptidase I  41.28 
 
 
304 aa  206  5e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000572836  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2245  signal peptidase I  40.34 
 
 
288 aa  206  6e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00692178 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2826  signal peptidase I  38.04 
 
 
324 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>