More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1719 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  100 
 
 		 357 aa  726    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  39.65 
 
 		 343 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  38.9 
 
 		 361 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 345 aa  205  8e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 346 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 352 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 356 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  29.61 
 
 		 355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  33.79 
 
 		 200 aa  119  7e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  28.65 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  32.46 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  33.66 
 
 		 325 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  27.52 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 427 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 420 aa  83.2  0.000000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 735 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  30 
 
 		 425 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  33.9 
 
 		 580 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  33 
 
 		 527 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 546 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  32.96 
 
 		 634 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  32.57 
 
 		 489 aa  79  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 690 aa  79.3  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 505 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  30 
 
 		 418 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 591 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.45 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 611 aa  75.5  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  35.77 
 
 		 353 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  31.28 
 
 		 493 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.05 
 
 		 454 aa  74.7  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.05 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  30.46 
 
 		 689 aa  74.7  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 493 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 559 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  25 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0500  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 458 aa  73.6  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  26.6 
 
 		 659 aa  73.9  0.000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1013  GGDEF family protein  27.75 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 476 aa  72.8  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 443 aa  72.8  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 493 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 353 aa  72  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  28.43 
 
 		 355 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  26.17 
 
 		 352 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  27.37 
 
 		 641 aa  72  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 353 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 539 aa  71.6  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 452 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.32 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  30 
 
 		 551 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 544 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 369 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 574 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.74 
 
 		 901 aa  70.9  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 775 aa  70.5  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  27.75 
 
 		 308 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 569 aa  70.5  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 351 aa  70.1  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 432 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 448 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  28.42 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 448 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  25.71 
 
 		 714 aa  70.1  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  29 
 
 		 494 aa  69.7  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  27.32 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 523 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 523 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  24.42 
 
 		 353 aa  69.3  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 458 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.74 
 
 		 1078 aa  68.2  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.44 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 		 665 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  26.17 
 
 		 471 aa  67.4  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000368  hypothetical protein  29.57 
 
 		 673 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.508555  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  28 
 
 		 432 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  27.37 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 372 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  26.21 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  27.08 
 
 		 464 aa  67.4  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 517 aa  67  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0207  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 346 aa  67  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 753 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 354 aa  67  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 736 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  24.79 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  26.4 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>