More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0389 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  100 
 
 		 303 aa  635    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 356 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  40.68 
 
 		 200 aa  155  7e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  30.33 
 
 		 325 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 328 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 361 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  28.43 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  40.86 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0116  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 382 aa  109  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 714 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 386 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 348 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 402 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 530 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  28.69 
 
 		 689 aa  103  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 316 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.25 
 
 		 493 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 493 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  33.86 
 
 		 518 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  35.12 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 352 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 461 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 614 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.56 
 
 		 505 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 420 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 351 aa  99.8  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.1 
 
 		 596 aa  99.8  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 548 aa  99.8  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 415 aa  99.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 605 aa  99.4  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.91 
 
 		 901 aa  99.8  6e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 518 aa  99.4  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03814  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 142 aa  99.4  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 352 aa  99.8  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  33.85 
 
 		 518 aa  99.4  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 696 aa  99  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  35.58 
 
 		 306 aa  99  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 253 aa  99  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  36.9 
 
 		 312 aa  99  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  35.58 
 
 		 307 aa  99  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 352 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 464 aa  98.6  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 495 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.44 
 
 		 496 aa  98.2  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 530 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 354 aa  97.4  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 580 aa  97.4  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3576  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.94 
 
 		 345 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 772 aa  97.4  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 341 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  35.76 
 
 		 489 aa  96.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 352 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 518 aa  96.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 316 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4206  GGDEF  39.22 
 
 		 361 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  35.71 
 
 		 355 aa  96.3  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 493 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 796 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 386 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0453  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.94 
 
 		 345 aa  96.3  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 372 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 463 aa  95.9  7e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 353 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.97 
 
 		 1109 aa  95.9  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 514 aa  95.9  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1888  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 369 aa  95.9  8e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  37.25 
 
 		 677 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.94 
 
 		 610 aa  95.5  9e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  34.81 
 
 		 976 aa  95.5  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 383 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 432 aa  95.1  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 380 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 517 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  33.14 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  36.6 
 
 		 690 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 325 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 498 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  36.36 
 
 		 498 aa  94.7  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 726 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 559 aa  94.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 454 aa  94.7  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.12 
 
 		 425 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 628 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 642 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 401 aa  94  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 518 aa  94  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 591 aa  94  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>