More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0230 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  100 
 
 		 355 aa  722    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 334 aa  202  6e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  38.68 
 
 		 352 aa  180  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 345 aa  179  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  39.37 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  41.04 
 
 		 200 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  40.86 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  26.96 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  35.65 
 
 		 325 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  35.84 
 
 		 418 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.11 
 
 		 425 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 532 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  44.9 
 
 		 424 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 476 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.99 
 
 		 325 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  46.28 
 
 		 580 aa  109  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 427 aa  109  7.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 546 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 517 aa  108  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  39.52 
 
 		 489 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  37.84 
 
 		 457 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 518 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 544 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  39.55 
 
 		 531 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 599 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  34.94 
 
 		 689 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  33.33 
 
 		 609 aa  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 732 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.38 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.25 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 473 aa  106  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 514 aa  107  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  34.68 
 
 		 435 aa  106  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 559 aa  106  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 523 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 518 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  38.35 
 
 		 375 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  37 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.26 
 
 		 458 aa  106  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  38.46 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 690 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 775 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  32.34 
 
 		 498 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  38.17 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 251 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 353 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 461 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 569 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 653 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.62 
 
 		 415 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.44 
 
 		 570 aa  105  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 736 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 551 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 624 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.36 
 
 		 901 aa  104  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 714 aa  104  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  32.91 
 
 		 709 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  34.26 
 
 		 518 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  36.54 
 
 		 375 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 429 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 563 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  40.32 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.45 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 640 aa  103  4e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 517 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 227 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 591 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  37.71 
 
 		 568 aa  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 487 aa  103  5e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  33.71 
 
 		 445 aa  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  37.36 
 
 		 490 aa  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 735 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 389 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>