More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1673 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  100 
 
 		 343 aa  702    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  44.88 
 
 		 361 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 345 aa  262  6e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 357 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 346 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 352 aa  217  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  48.74 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  49.56 
 
 		 334 aa  212  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  34.28 
 
 		 341 aa  196  7e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  47.39 
 
 		 200 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  41.01 
 
 		 355 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  38.97 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 328 aa  150  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  31.37 
 
 		 325 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  33.19 
 
 		 319 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.51 
 
 		 418 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 493 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 493 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.29 
 
 		 689 aa  120  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 487 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 420 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  48.36 
 
 		 351 aa  116  6e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 493 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 591 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  40 
 
 		 546 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  31.05 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 456 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 508 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 696 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 427 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.78 
 
 		 425 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 559 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 525 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  46.77 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.29 
 
 		 505 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 714 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  46.77 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  40 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 569 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 		 454 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 735 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  37.99 
 
 		 580 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  34.36 
 
 		 280 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  39.88 
 
 		 677 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 		 1078 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 492 aa  108  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 642 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 791 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.26 
 
 		 476 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  34.15 
 
 		 454 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 736 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  39.29 
 
 		 489 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 425 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 526 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 532 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 482 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 668 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 471 aa  107  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 527 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 539 aa  107  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 599 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 645 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 508 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 458 aa  106  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 551 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 614 aa  106  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  40.11 
 
 		 457 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 591 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 324 aa  106  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  38.1 
 
 		 516 aa  106  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 360 aa  106  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  37.28 
 
 		 518 aa  106  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 614 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  44.53 
 
 		 645 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 355 aa  105  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 346 aa  105  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 483 aa  105  9e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  38.01 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.14 
 
 		 484 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 526 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 423 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.8 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  28.43 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 530 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.47 
 
 		 325 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 488 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.5 
 
 		 570 aa  105  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  37.36 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 482 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>