More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3609 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  100 
 
 		 328 aa  665    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  47.45 
 
 		 325 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  38.02 
 
 		 319 aa  231  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 352 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 334 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 356 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  38 
 
 		 200 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 345 aa  139  7e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 346 aa  139  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 361 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  30.72 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  31.25 
 
 		 355 aa  126  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  35.67 
 
 		 580 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0596  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 474 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000817529  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 411 aa  107  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 599 aa  106  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  34.46 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 507 aa  103  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3414  diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 444 aa  103  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 507 aa  102  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.98 
 
 		 808 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  32.97 
 
 		 811 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 568 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 508 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 		 640 aa  100  3e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 425 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1723  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.99 
 
 		 733 aa  99.4  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 353 aa  99.4  8e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 612 aa  99.4  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.65 
 
 		 563 aa  99.4  8e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 504 aa  99  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 318 aa  99  9e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 355 aa  99  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.75 
 
 		 791 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  25.15 
 
 		 699 aa  98.6  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 348 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  36.57 
 
 		 677 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.96 
 
 		 820 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1523  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.64 
 
 		 472 aa  99  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  32.02 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0758  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 340 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 		 537 aa  98.6  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  31.72 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 346 aa  98.2  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 446 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 488 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 388 aa  97.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 432 aa  98.2  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  29.17 
 
 		 462 aa  97.4  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 360 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0267  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.77 
 
 		 500 aa  97.4  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0141639 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  30.36 
 
 		 820 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 436 aa  97.1  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 555 aa  97.1  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 557 aa  96.7  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  27.44 
 
 		 323 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 473 aa  96.7  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 498 aa  96.3  6e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 591 aa  96.3  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.16 
 
 		 636 aa  95.9  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.58 
 
 		 714 aa  96.3  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 696 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.84 
 
 		 717 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33.73 
 
 		 690 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 423 aa  95.9  8e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  33.52 
 
 		 485 aa  95.9  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  34.08 
 
 		 400 aa  95.9  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.61 
 
 		 708 aa  95.9  9e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 335 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 631 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3305  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 286 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.33883 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  34.34 
 
 		 448 aa  95.1  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0228  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 475 aa  95.5  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.697519 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.16 
 
 		 738 aa  95.5  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.89 
 
 		 718 aa  95.5  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 470 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 432 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 516 aa  95.1  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 625 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1344  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.67 
 
 		 701 aa  95.1  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.562433 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.75 
 
 		 792 aa  94.4  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.32 
 
 		 1092 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.02 
 
 		 686 aa  95.1  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.52 
 
 		 757 aa  94.7  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 485 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 485 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 624 aa  95.1  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.9 
 
 		 876 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>