More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3048 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  100 
 
 		 346 aa  713    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 361 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 347 aa  212  7e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 343 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 334 aa  209  7e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 352 aa  192  9e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 356 aa  179  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  41.04 
 
 		 200 aa  166  8e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  39.37 
 
 		 355 aa  160  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 357 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  36.07 
 
 		 325 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 328 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  39.15 
 
 		 303 aa  138  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  31.45 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  35.56 
 
 		 418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  37.5 
 
 		 516 aa  120  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 436 aa  119  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 420 aa  119  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  38 
 
 		 516 aa  119  7.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  42.2 
 
 		 489 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.08 
 
 		 1078 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40 
 
 		 354 aa  116  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.1 
 
 		 493 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 732 aa  115  7.999999999999999e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.92 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 736 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 493 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 452 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 493 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 611 aa  112  7.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 546 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 735 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.96 
 
 		 791 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  37.43 
 
 		 690 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 432 aa  109  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 820 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 696 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 457 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 650 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 753 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 492 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 559 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 427 aa  107  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  41.01 
 
 		 585 aa  106  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 402 aa  106  5e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  45.11 
 
 		 689 aa  106  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 487 aa  106  6e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 380 aa  106  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 308 aa  106  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 451 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 495 aa  105  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 355 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 352 aa  105  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  37.79 
 
 		 668 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.63 
 
 		 416 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 764 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  41.04 
 
 		 677 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  36.46 
 
 		 445 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 631 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 387 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  37.79 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 347 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 764 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  38.95 
 
 		 456 aa  104  2e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 628 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 764 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 227 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 458 aa  104  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.79 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.66 
 
 		 325 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 628 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  44.35 
 
 		 423 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 492 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 366 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 492 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.78 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 621 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 347 aa  103  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.8 
 
 		 625 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  36.67 
 
 		 368 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 312 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 527 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 525 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 371 aa  103  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 237 aa  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 419 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 775 aa  102  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>