More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3966 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  100 
 
 		 345 aa  698    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  46.13 
 
 		 343 aa  265  8e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 361 aa  249  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 357 aa  219  5e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 356 aa  218  8.999999999999998e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 347 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 346 aa  205  8e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 352 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  37.55 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  42.92 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  43.6 
 
 		 200 aa  171  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  31.41 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 328 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  27.93 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  29.31 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 493 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.13 
 
 		 425 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 591 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 493 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 490 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 614 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  38.68 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 402 aa  116  6.9999999999999995e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 696 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  38.1 
 
 		 690 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 493 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 427 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 735 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 580 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 527 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.12 
 
 		 418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.42 
 
 		 949 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 505 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.7 
 
 		 454 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 490 aa  113  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.25 
 
 		 689 aa  113  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 495 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 374 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 736 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  40 
 
 		 738 aa  112  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 385 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 452 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 642 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  41.67 
 
 		 677 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  38.12 
 
 		 516 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 456 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 492 aa  110  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0500  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 458 aa  110  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 668 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 523 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 791 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 420 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  37.64 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 476 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  33.33 
 
 		 642 aa  109  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  39.29 
 
 		 671 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 387 aa  109  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 352 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 353 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 473 aa  109  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 544 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 557 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1013  GGDEF family protein  32.89 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 794 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 559 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.69 
 
 		 410 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 546 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 348 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 611 aa  107  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 487 aa  107  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.02 
 
 		 570 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 768 aa  107  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  33.68 
 
 		 585 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 523 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 569 aa  107  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 645 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 690 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.11 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.95 
 
 		 455 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 714 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 464 aa  106  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 352 aa  106  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  37.02 
 
 		 516 aa  106  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1669  hypothetical protein  39.16 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 355 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 227 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 608 aa  106  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  36.93 
 
 		 355 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 501 aa  106  6e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 388 aa  106  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>