More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3423 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 325 aa  665    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  47.45 
 
 		 328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 		 319 aa  212  7e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 352 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 346 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  30.33 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  28.02 
 
 		 361 aa  139  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  38.42 
 
 		 200 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  40 
 
 		 690 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 696 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 518 aa  112  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 614 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 518 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  35.65 
 
 		 355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 530 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  38.41 
 
 		 677 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  37.06 
 
 		 823 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 518 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 642 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0298  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.65 
 
 		 709 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 373 aa  106  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 379 aa  106  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 514 aa  105  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 387 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  32.16 
 
 		 402 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 		 698 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  40.15 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 518 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 671 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 518 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 411 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 518 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 736 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 460 aa  104  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  35.2 
 
 		 591 aa  104  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 518 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 518 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 580 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  35.88 
 
 		 818 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 808 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 668 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 461 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.48 
 
 		 818 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 436 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 469 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 518 aa  103  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 460 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 518 aa  103  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 312 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 316 aa  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  34.07 
 
 		 811 aa  102  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 525 aa  102  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 432 aa  102  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  27.71 
 
 		 348 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 551 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.2 
 
 		 893 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.2 
 
 		 893 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 532 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  35.58 
 
 		 518 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.92 
 
 		 455 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 518 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 518 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 493 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  30.56 
 
 		 973 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.47 
 
 		 425 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 172 aa  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 454 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.69 
 
 		 457 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.48 
 
 		 782 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 438 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 546 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0638  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.63 
 
 		 800 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.290877  decreased coverage  0.000110777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.35 
 
 		 699 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  32.93 
 
 		 493 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 648 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 493 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 532 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.68 
 
 		 818 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 381 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 753 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 653 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 355 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 516 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 		 803 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 454 aa  100  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>