More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4051 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  100 
 
 		 356 aa  736    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  58.17 
 
 		 347 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  58.57 
 
 		 352 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  59.71 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  59.71 
 
 		 334 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 361 aa  199  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 345 aa  196  4.0000000000000005e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 341 aa  190  4e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 346 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  47.57 
 
 		 200 aa  176  6e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  32.58 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  32.69 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 357 aa  153  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 328 aa  152  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  38.57 
 
 		 319 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  38.43 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 546 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 545 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  39.76 
 
 		 520 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 492 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.64 
 
 		 418 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 551 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40.35 
 
 		 425 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  38.89 
 
 		 489 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 696 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  41.32 
 
 		 946 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 671 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 532 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 		 381 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 461 aa  109  7.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 523 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 251 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 485 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  36.98 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 460 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 540 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 523 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 490 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 614 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.57 
 
 		 668 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.66 
 
 		 454 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 559 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.64 
 
 		 416 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 645 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 642 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 361 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 591 aa  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 544 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 574 aa  106  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  46.97 
 
 		 562 aa  106  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.18 
 
 		 499 aa  106  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 523 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 324 aa  107  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 387 aa  106  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  43.56 
 
 		 690 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 351 aa  106  7e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 510 aa  106  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 253 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 485 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 569 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1013  GGDEF family protein  35.84 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 485 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 488 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 		 645 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 524 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  39.13 
 
 		 625 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 473 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 517 aa  104  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 303 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.31 
 
 		 550 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 653 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  40 
 
 		 374 aa  104  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 485 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 463 aa  104  3e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 631 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 650 aa  104  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.51 
 
 		 355 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 581 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 353 aa  103  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 464 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 374 aa  103  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>