More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2531 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 319 aa  663    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 328 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 		 325 aa  212  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 356 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 347 aa  146  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  40.96 
 
 		 200 aa  138  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  28.43 
 
 		 303 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  26.96 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 361 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 343 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 544 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 523 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  38.76 
 
 		 520 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.98 
 
 		 900 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 347 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 527 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 736 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 350 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  38.06 
 
 		 580 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  34.88 
 
 		 862 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  34.34 
 
 		 689 aa  108  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 610 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 559 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 665 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 482 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 342 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  35.38 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  34.2 
 
 		 489 aa  106  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 523 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 342 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  34.01 
 
 		 448 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  36.81 
 
 		 998 aa  106  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  36.97 
 
 		 334 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  40.24 
 
 		 908 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 342 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 342 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.57 
 
 		 808 aa  105  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.69 
 
 		 994 aa  105  9e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.8 
 
 		 882 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  38.22 
 
 		 516 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 454 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 427 aa  105  1e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.04 
 
 		 1015 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 		 1015 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.8 
 
 		 882 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 456 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.5 
 
 		 877 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 		 1015 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 		 1015 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.02 
 
 		 873 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 483 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 559 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.38 
 
 		 882 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 772 aa  103  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 610 aa  103  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 482 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.42 
 
 		 1009 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.42 
 
 		 1018 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.42 
 
 		 1009 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  34.83 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 876 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 492 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 351 aa  102  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  39.02 
 
 		 391 aa  102  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 492 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  32.86 
 
 		 811 aa  103  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 492 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3319  sensory box protein  35.23 
 
 		 733 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 343 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 451 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 631 aa  102  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  35.26 
 
 		 578 aa  102  8e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 381 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 		 355 aa  102  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1523  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.24 
 
 		 472 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 347 aa  102  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 735 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 355 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.34 
 
 		 874 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  33.87 
 
 		 489 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  36.36 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 545 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.57 
 
 		 652 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 753 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 		 1009 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.64 
 
 		 882 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>