More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04147 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  100 
 
 		 200 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1834  diguanylate cyclase  45.07 
 
 		 341 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.050672  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1671  diguanylate cyclase  49.02 
 
 		 352 aa  191  5e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  48.56 
 
 		 347 aa  183  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  49.49 
 
 		 334 aa  180  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  49.49 
 
 		 334 aa  180  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4051  diguanylate cyclase  47.57 
 
 		 356 aa  176  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0769882  normal  0.0972661 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1673  diguanylate cyclase  47.39 
 
 		 343 aa  174  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  44.9 
 
 		 345 aa  168  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3048  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 346 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158939  normal  0.0552217 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0230  GGDEF  41.04 
 
 		 355 aa  161  7e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  42.52 
 
 		 361 aa  156  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  40.68 
 
 		 303 aa  155  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3609  diguanylate cyclase  38 
 
 		 328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.407775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2531  GGDEF domain-containing protein  40.96 
 
 		 319 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3423  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 325 aa  132  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 508 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 544 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 523 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1719  diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 357 aa  119  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 505 aa  119  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.74 
 
 		 418 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 249 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 351 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 420 aa  115  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 523 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 732 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 432 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.39 
 
 		 425 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 357 aa  112  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.05 
 
 		 689 aa  112  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 308 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 735 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  35.47 
 
 		 422 aa  111  8.000000000000001e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 338 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 314 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 339 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 526 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.52 
 
 		 325 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 338 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 427 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 753 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 407 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.48 
 
 		 791 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 424 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 591 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 555 aa  108  5e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  40 
 
 		 392 aa  108  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 492 aa  108  7.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 539 aa  108  7.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 526 aa  108  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 622 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 172 aa  108  7.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 387 aa  107  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  39.02 
 
 		 580 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 736 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  38.99 
 
 		 516 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  44.2 
 
 		 448 aa  107  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 545 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 253 aa  107  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 614 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 		 416 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.76 
 
 		 550 aa  106  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 308 aa  106  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 376 aa  106  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 423 aa  106  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 540 aa  106  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 508 aa  106  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 794 aa  106  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 690 aa  106  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 532 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 227 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 237 aa  106  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 628 aa  106  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.84 
 
 		 355 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 517 aa  105  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 425 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.05 
 
 		 415 aa  105  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 411 aa  105  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 301 aa  105  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  36.84 
 
 		 634 aa  105  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.18 
 
 		 410 aa  105  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 518 aa  105  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 532 aa  105  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 517 aa  105  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 381 aa  105  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  32.31 
 
 		 568 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 		 416 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  38.04 
 
 		 520 aa  104  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 355 aa  104  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  36.14 
 
 		 565 aa  104  7e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 306 aa  104  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 309 aa  104  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 493 aa  104  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 460 aa  104  8e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 452 aa  104  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 634 aa  104  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 321 aa  104  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 461 aa  104  9e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  40.68 
 
 		 489 aa  104  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>