More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06694 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  100 
 
 		 337 aa  697    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  89.61 
 
 		 337 aa  632  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  68.45 
 
 		 339 aa  500  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  48.51 
 
 		 341 aa  359  4e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  49.4 
 
 		 341 aa  358  8e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  47.79 
 
 		 341 aa  358  9e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  48.67 
 
 		 341 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 341 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  48.5 
 
 		 341 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  48.51 
 
 		 341 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  48.5 
 
 		 341 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  48.5 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  48.2 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  47.01 
 
 		 341 aa  350  3e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  47.79 
 
 		 341 aa  347  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  48.8 
 
 		 341 aa  344  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 339 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  48.21 
 
 		 341 aa  340  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  46.73 
 
 		 347 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 340 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 355 aa  212  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 351 aa  197  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 355 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  33.23 
 
 		 355 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.28 
 
 		 355 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 352 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 355 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  30.47 
 
 		 339 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 342 aa  169  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 352 aa  168  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 350 aa  165  9e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 368 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 340 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.82 
 
 		 319 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  29.11 
 
 		 354 aa  159  5e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  29.24 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.65 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  26.01 
 
 		 328 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 353 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  29 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 353 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 372 aa  143  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.77 
 
 		 333 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 634 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 369 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  27.44 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.35 
 
 		 668 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 369 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.35 
 
 		 668 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 349 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.04 
 
 		 418 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  25.52 
 
 		 342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 487 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.14 
 
 		 425 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 390 aa  125  9e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.11 
 
 		 558 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.32 
 
 		 663 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 504 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.49 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 714 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  28.2 
 
 		 464 aa  123  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 498 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.57 
 
 		 614 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 696 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 377 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 499 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.66 
 
 		 457 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 424 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 638 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  39.29 
 
 		 528 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  37.85 
 
 		 234 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 544 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 401 aa  119  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 253 aa  119  7e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.64 
 
 		 457 aa  119  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.86 
 
 		 455 aa  119  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 381 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 398 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>