More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_06490 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 
402 aa  825    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  55.47 
 
 
420 aa  463  1e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  51.99 
 
 
400 aa  425  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  49.25 
 
 
416 aa  400  9.999999999999999e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  44.47 
 
 
433 aa  341  2e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  40.49 
 
 
465 aa  332  5e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  40.49 
 
 
465 aa  332  5e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  40.49 
 
 
465 aa  332  5e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11260  lipoprotein (sugar-binding) lpqY  39.82 
 
 
468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00432408 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 
423 aa  288  2e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1199  extracellular solute-binding protein family 1  36.8 
 
 
483 aa  283  4.0000000000000003e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.420226  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  35.5 
 
 
464 aa  260  3e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  32.05 
 
 
447 aa  204  2e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  31.82 
 
 
437 aa  199  9e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  32.05 
 
 
434 aa  197  3e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.48952  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  32.83 
 
 
427 aa  196  9e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  30.51 
 
 
429 aa  187  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 
436 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 
464 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 
428 aa  179  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.13 
 
 
436 aa  168  1e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0446112  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.24 
 
 
418 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 
439 aa  161  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  30.52 
 
 
434 aa  157  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  31.33 
 
 
419 aa  156  8e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  32.26 
 
 
436 aa  152  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  25.46 
 
 
425 aa  150  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  28.87 
 
 
446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
428 aa  146  8.000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
455 aa  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  30.03 
 
 
440 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  27.27 
 
 
422 aa  140  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  26.91 
 
 
437 aa  137  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
428 aa  136  7.000000000000001e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
453 aa  135  9e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  31.29 
 
 
423 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 
411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 
411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 
414 aa  126  5e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 
425 aa  126  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  28.45 
 
 
438 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
447 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  32.55 
 
 
421 aa  123  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 
412 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.77 
 
 
421 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 
412 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.78 
 
 
412 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 
424 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 
422 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
413 aa  111  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
466 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0477  ABC-type sugar transport systems ATPase components-like protein  37.91 
 
 
400 aa  110  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
444 aa  109  7.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.77 
 
 
424 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  30.56 
 
 
439 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 
420 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  26.05 
 
 
421 aa  107  5e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 
382 aa  106  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  25.53 
 
 
433 aa  105  1e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  28.03 
 
 
430 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 
363 aa  104  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 
415 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  23.61 
 
 
426 aa  102  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.45 
 
 
426 aa  101  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 
464 aa  101  3e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
419 aa  100  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 
423 aa  99.8  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  26.18 
 
 
419 aa  99.8  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9021  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.23 
 
 
521 aa  99  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  29.97 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
421 aa  97.8  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 
430 aa  97.8  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  27.25 
 
 
435 aa  95.1  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
416 aa  94.4  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25 
 
 
431 aa  92  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0753  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.54 
 
 
454 aa  91.3  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0836002  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
386 aa  90.5  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  26.88 
 
 
437 aa  88.6  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 
411 aa  87  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 
433 aa  85.1  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  27.33 
 
 
410 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  26.87 
 
 
522 aa  83.6  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
431 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  23.3 
 
 
419 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  29.37 
 
 
724 aa  81.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  26.64 
 
 
419 aa  81.3  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0011  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 
473 aa  80.5  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0936464  normal  0.0312936 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0271  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
387 aa  80.5  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  27.35 
 
 
410 aa  79.7  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 
418 aa  79.7  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
410 aa  79  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
421 aa  78.6  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
433 aa  78.2  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  22.03 
 
 
424 aa  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 
448 aa  74.7  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 
410 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  22.44 
 
 
412 aa  72  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
391 aa  71.2  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>