More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4557 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  86.17 
 
 
412 aa  737    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
412 aa  841    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  86.17 
 
 
412 aa  733    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  62.53 
 
 
416 aa  485  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  52.08 
 
 
444 aa  386  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  45.02 
 
 
437 aa  343  4e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  37.63 
 
 
415 aa  264  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  36.63 
 
 
414 aa  199  5e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 
428 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  34.76 
 
 
413 aa  179  5.999999999999999e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 
411 aa  178  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 
411 aa  179  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  33.87 
 
 
437 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  32.97 
 
 
425 aa  176  7e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 
411 aa  169  1e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
455 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  33.03 
 
 
436 aa  163  6e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  28.96 
 
 
440 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  31.22 
 
 
466 aa  152  8e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  31.38 
 
 
464 aa  152  1e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  27.54 
 
 
438 aa  144  2e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
439 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  28.5 
 
 
446 aa  143  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2553  extracellular solute-binding protein family 1  28.87 
 
 
432 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.964139  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  29.56 
 
 
419 aa  137  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
432 aa  136  8e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
424 aa  132  9e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  29.76 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  28.42 
 
 
428 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 
428 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.01 
 
 
418 aa  126  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
432 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  28.84 
 
 
410 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  29.23 
 
 
522 aa  123  7e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 
447 aa  123  7e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02930  carbohydrate-binding protein  25.74 
 
 
426 aa  120  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  26.86 
 
 
419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  31.43 
 
 
458 aa  120  4.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  28.3 
 
 
410 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  30.88 
 
 
422 aa  119  7.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  30.96 
 
 
422 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.06 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  27.55 
 
 
436 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  25.75 
 
 
422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  28.61 
 
 
449 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  25.23 
 
 
421 aa  117  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  28.49 
 
 
434 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  28.25 
 
 
418 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
420 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 
429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
421 aa  115  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 
412 aa  114  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
453 aa  113  5e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  29.41 
 
 
430 aa  113  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
399 aa  113  6e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
423 aa  112  8.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  26.24 
 
 
423 aa  112  9e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  28.53 
 
 
427 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  26.3 
 
 
440 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  28.25 
 
 
417 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1088  extracellular solute-binding protein family 1  28.38 
 
 
414 aa  110  3e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00683834  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
438 aa  111  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  28.4 
 
 
423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.24 
 
 
439 aa  110  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.24 
 
 
439 aa  110  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.2 
 
 
403 aa  109  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4174  extracellular solute-binding protein family 1  28.05 
 
 
426 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0883  twin-arginine translocation pathway signal  31.7 
 
 
450 aa  109  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.767617  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4213  extracellular solute-binding protein family 1  28.05 
 
 
426 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.215316  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
415 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0900  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
450 aa  109  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0889  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
450 aa  109  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.112478 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  26.4 
 
 
419 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  28.49 
 
 
430 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 
423 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  27.18 
 
 
420 aa  108  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2539  putative ABC transporter, substrate binding protein  26.35 
 
 
437 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
424 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.69 
 
 
366 aa  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.92 
 
 
411 aa  106  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
431 aa  106  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  28.33 
 
 
439 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
420 aa  105  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  28.42 
 
 
431 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  29.43 
 
 
439 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
420 aa  105  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  23.41 
 
 
434 aa  103  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  28.44 
 
 
419 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  37.78 
 
 
416 aa  103  6e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  28.86 
 
 
423 aa  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 
411 aa  103  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 
443 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 
411 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.16 
 
 
421 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.25 
 
 
496 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>