More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0762 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  90.57 
 
 
424 aa  800    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
424 aa  870    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  62.44 
 
 
419 aa  529  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  53.92 
 
 
439 aa  456  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  48.8 
 
 
423 aa  417  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  49.87 
 
 
421 aa  409  1e-113  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  46.63 
 
 
430 aa  390  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  43.13 
 
 
420 aa  385  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  44.31 
 
 
423 aa  375  1e-103  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  43.87 
 
 
422 aa  363  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  43.16 
 
 
421 aa  360  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  45.34 
 
 
421 aa  357  2.9999999999999997e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  45.14 
 
 
423 aa  355  8.999999999999999e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  41.65 
 
 
421 aa  343  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  41.31 
 
 
425 aa  327  2.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  37.62 
 
 
411 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  37.62 
 
 
411 aa  270  4e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  37.76 
 
 
522 aa  269  8e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  36.38 
 
 
411 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 
413 aa  261  1e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  37.28 
 
 
414 aa  259  7e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  35.32 
 
 
428 aa  239  9e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  32.54 
 
 
437 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  29.82 
 
 
425 aa  211  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  32.39 
 
 
446 aa  195  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 
412 aa  192  7e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 
439 aa  190  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 
428 aa  189  8e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  33.98 
 
 
466 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  34.29 
 
 
428 aa  183  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  32.72 
 
 
434 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  36.51 
 
 
464 aa  178  1e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  33.89 
 
 
455 aa  177  4e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  32.22 
 
 
419 aa  168  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  29.44 
 
 
440 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 
453 aa  168  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 
436 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  32.77 
 
 
422 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  31.04 
 
 
438 aa  164  3e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
447 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.24 
 
 
418 aa  157  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  38.28 
 
 
421 aa  149  8e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  29.47 
 
 
426 aa  147  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  35.86 
 
 
433 aa  142  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  29.61 
 
 
419 aa  141  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  27.82 
 
 
418 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
363 aa  133  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 
436 aa  123  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 
423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
439 aa  113  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.63 
 
 
402 aa  113  8.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  28.43 
 
 
420 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 
433 aa  108  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
412 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  27.01 
 
 
416 aa  106  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  32.18 
 
 
448 aa  105  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  28.16 
 
 
412 aa  103  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2264  extracellular solute-binding protein family 1  28.35 
 
 
514 aa  101  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.337461  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 
412 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  25.41 
 
 
400 aa  99.4  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 
419 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  26.61 
 
 
437 aa  97.1  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 
416 aa  97.1  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
382 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
412 aa  94.4  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0013  extracellular solute-binding protein family 1  25.87 
 
 
511 aa  93.6  6e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.957035  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 
444 aa  92.8  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9021  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.03 
 
 
521 aa  92.4  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  24.33 
 
 
419 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 
446 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0753  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.9 
 
 
454 aa  89.7  8e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0836002  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 
431 aa  89.4  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1855  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 
441 aa  89  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 
412 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
439 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
439 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 
464 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.87 
 
 
496 aa  87  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 
464 aa  85.1  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
465 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
465 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
465 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 
724 aa  84  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  25.93 
 
 
419 aa  82.8  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1199  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 
483 aa  81.6  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.420226  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  25.91 
 
 
447 aa  81.3  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 
449 aa  80.9  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  25.71 
 
 
464 aa  80.9  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
513 aa  80.5  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2482  extracellular solute-binding protein family 1  27.31 
 
 
400 aa  79.7  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0758562  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 
429 aa  79  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
438 aa  79  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  22.9 
 
 
446 aa  79  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  27.56 
 
 
433 aa  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 
408 aa  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  26.91 
 
 
427 aa  77.4  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 
448 aa  77.8  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 
436 aa  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
437 aa  76.6  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
386 aa  76.3  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>