More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4442 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
425 aa  856    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  65.23 
 
 
422 aa  579  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  64.44 
 
 
421 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  65.46 
 
 
423 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  62.84 
 
 
421 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  50.13 
 
 
439 aa  387  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  46.97 
 
 
430 aa  378  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  48.26 
 
 
419 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  47.71 
 
 
423 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  45.48 
 
 
423 aa  353  4e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  44.72 
 
 
421 aa  346  6e-94  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  41.77 
 
 
424 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  40.57 
 
 
424 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 
421 aa  332  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  43.83 
 
 
420 aa  320  3.9999999999999996e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  38.35 
 
 
522 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  41.19 
 
 
413 aa  276  5e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 
411 aa  265  1e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 
411 aa  265  1e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 
411 aa  265  2e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  39.85 
 
 
414 aa  254  1.0000000000000001e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  37.63 
 
 
428 aa  243  6e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  37.74 
 
 
446 aa  196  6e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 
439 aa  188  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 
436 aa  186  9e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  32.43 
 
 
425 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  34.94 
 
 
455 aa  184  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  34.76 
 
 
412 aa  181  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.59 
 
 
418 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  32.88 
 
 
437 aa  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  34.37 
 
 
419 aa  178  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  35.11 
 
 
438 aa  159  9e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  31.59 
 
 
464 aa  157  4e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  29.82 
 
 
440 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  31.62 
 
 
453 aa  153  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  32.14 
 
 
466 aa  152  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  30.54 
 
 
426 aa  150  4e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  30.19 
 
 
418 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 
428 aa  146  6e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  31.2 
 
 
421 aa  146  9e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  30.13 
 
 
428 aa  144  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 
363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  32.26 
 
 
447 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  31.35 
 
 
433 aa  136  6.0000000000000005e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  32.19 
 
 
419 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  28.41 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  33.43 
 
 
436 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  28.53 
 
 
422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.55 
 
 
402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  31.39 
 
 
420 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 
423 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  28.08 
 
 
416 aa  110  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  28.86 
 
 
429 aa  104  4e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
412 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2264  extracellular solute-binding protein family 1  25.93 
 
 
514 aa  102  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.337461  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1855  extracellular solute-binding protein family 1  28.03 
 
 
441 aa  99.4  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 
412 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  27.42 
 
 
400 aa  98.6  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
439 aa  97.8  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  27.2 
 
 
447 aa  97.4  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  27.53 
 
 
437 aa  96.7  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  27.35 
 
 
412 aa  96.7  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
386 aa  95.5  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
433 aa  93.2  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  27.53 
 
 
419 aa  92.8  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 
427 aa  92.8  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2482  extracellular solute-binding protein family 1  27.21 
 
 
400 aa  92  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0758562  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 
419 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0013  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 
511 aa  90.5  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.957035  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  28.3 
 
 
448 aa  90.5  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.25 
 
 
436 aa  87  5e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0446112  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 
411 aa  87  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1199  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
483 aa  86.3  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.420226  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25.95 
 
 
431 aa  85.9  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11260  lipoprotein (sugar-binding) lpqY  26.97 
 
 
468 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00432408 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
465 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 
419 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
465 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  24.45 
 
 
431 aa  85.5  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
465 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  28.53 
 
 
724 aa  84.7  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
439 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
439 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  27.21 
 
 
419 aa  84.7  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
412 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0753  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.59 
 
 
454 aa  83.2  0.000000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0836002  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
444 aa  83.2  0.000000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.92 
 
 
496 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 
464 aa  82.8  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 
435 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
446 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
436 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.45 
 
 
434 aa  80.5  0.00000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.48952  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 
424 aa  80.5  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
412 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.52 
 
 
426 aa  80.1  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  26.23 
 
 
454 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 
410 aa  80.1  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
401 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 
415 aa  79  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>