More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3005 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 386 aa  756    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0271  extracellular solute-binding protein family 1  61.36 
 
 		 387 aa  493  9.999999999999999e-139  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  46.89 
 
 		 382 aa  329  5.0000000000000004e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.7 
 
 		 439 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 		 448 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.7 
 
 		 439 aa  182  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 		 438 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 439 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 440 aa  170  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  29.24 
 
 		 423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 428 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  27.65 
 
 		 428 aa  107  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 428 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 411 aa  103  6e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 411 aa  102  8e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  21.85 
 
 		 425 aa  101  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  28.09 
 
 		 437 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 411 aa  100  5e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 		 470 aa  100  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1262  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 408 aa  98.2  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.953049  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  27.57 
 
 		 439 aa  97.1  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 432 aa  97.1  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 414 aa  96.3  8e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  26.85 
 
 		 411 aa  95.5  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 		 440 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 446 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 412 aa  95.1  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 425 aa  94.4  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 434 aa  93.2  7e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 412 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.41 
 
 		 496 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.8 
 
 		 402 aa  90.5  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 		 433 aa  90.1  6e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 439 aa  89.7  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  23.89 
 
 		 422 aa  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 412 aa  89.4  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 439 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  24.54 
 
 		 466 aa  89  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 439 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 421 aa  89  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 432 aa  87.4  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 		 468 aa  85.9  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 423 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  29.08 
 
 		 438 aa  83.2  0.000000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 421 aa  82.8  0.000000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  24.26 
 
 		 449 aa  81.6  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  27.49 
 
 		 421 aa  81.6  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  29.43 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  23.47 
 
 		 450 aa  81.3  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 		 522 aa  80.1  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 447 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 423 aa  79.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 		 443 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 411 aa  79.3  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1614  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 391 aa  79  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000159886  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 		 443 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  28.26 
 
 		 420 aa  79  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 436 aa  79.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 399 aa  78.2  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 		 443 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 		 443 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 		 416 aa  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 421 aa  77.4  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.76 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 		 435 aa  77.4  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 428 aa  76.6  0.0000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0712  extracellular solute-binding protein family 1  26.2 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.518168  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.76 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 424 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 422 aa  76.3  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0984  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 392 aa  75.9  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000118485  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 410 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  25.62 
 
 		 425 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 410 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 412 aa  75.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3144  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.59 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  26.25 
 
 		 442 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2553  extracellular solute-binding protein family 1  23.24 
 
 		 432 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.964139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 440 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 443 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.9 
 
 		 421 aa  74.3  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0966  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 392 aa  74.7  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000011003  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  22.3 
 
 		 447 aa  73.9  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 		 442 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  24.61 
 
 		 431 aa  73.6  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 		 400 aa  73.2  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 430 aa  72.8  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  22.7 
 
 		 419 aa  72.8  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 410 aa  72.8  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.83 
 
 		 411 aa  72  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.57 
 
 		 438 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  27.49 
 
 		 433 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  25.62 
 
 		 436 aa  72.4  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>