More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3144 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_4090  twin-arginine translocation pathway signal  79.82 
 
 		 440 aa  691    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.25614 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3144  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  100 
 
 		 460 aa  944    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 422 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.56 
 
 		 422 aa  110  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.17 
 
 		 422 aa  109  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 415 aa  102  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 412 aa  97.1  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 412 aa  96.3  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 437 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  24.88 
 
 		 412 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  25.18 
 
 		 439 aa  94.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 		 411 aa  94.4  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 		 418 aa  90.9  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  25.53 
 
 		 478 aa  91.3  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 		 468 aa  89.4  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 416 aa  89.4  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 436 aa  89  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 		 449 aa  86.3  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  25.59 
 
 		 447 aa  85.5  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 477 aa  82.8  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 425 aa  82.8  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  21.21 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.91 
 
 		 407 aa  82  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 428 aa  82.4  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 436 aa  80.9  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 428 aa  80.1  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 424 aa  79.7  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 444 aa  79.3  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0271  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 		 387 aa  79  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 432 aa  79  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 498 aa  78.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 452 aa  77.8  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.81 
 
 		 366 aa  77.4  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 		 433 aa  77  0.0000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  22.68 
 
 		 470 aa  76.6  0.0000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  23.55 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  28.08 
 
 		 464 aa  76.6  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.35 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 386 aa  76.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  27.52 
 
 		 410 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  21.95 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 411 aa  76.3  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 411 aa  75.9  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  23.14 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  26.04 
 
 		 420 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  22.68 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  24.59 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.08 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  30.54 
 
 		 434 aa  72  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.52 
 
 		 410 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 		 423 aa  72  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 455 aa  72  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  21.62 
 
 		 484 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 410 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 444 aa  70.9  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.76 
 
 		 438 aa  70.9  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  23.2 
 
 		 449 aa  71.2  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 		 504 aa  70.9  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 442 aa  70.5  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  23.82 
 
 		 442 aa  70.1  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  21.58 
 
 		 446 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.15 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  21.01 
 
 		 382 aa  69.3  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 		 428 aa  69.7  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0127  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 		 442 aa  69.7  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1088  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 		 414 aa  68.9  0.0000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00683834  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3495  extracellular solute-binding protein, family 1  23.3 
 
 		 487 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03906  maltose ABC transporter periplasmic protein  25.25 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3962  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4274  maltose ABC transporter periplasmic protein  25.25 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4496  maltose ABC transporter periplasmic protein  25.25 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4586  maltose ABC transporter periplasmic protein  25.25 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3995  maltose ABC transporter periplasmic protein  25.25 
 
 		 396 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0495972  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5515  maltose ABC transporter periplasmic protein  25.25 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.241432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03866  hypothetical protein  25.25 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  25.21 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.9 
 
 		 402 aa  67.4  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5738  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.5 
 
 		 452 aa  67.4  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.599702  normal  0.0824986 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.79 
 
 		 418 aa  67.4  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0294  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.12 
 
 		 406 aa  67  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.491527  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 439 aa  67  0.0000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 		 412 aa  67  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  20.89 
 
 		 496 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  20.47 
 
 		 439 aa  67  0.0000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 		 439 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 		 439 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 		 363 aa  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2209  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 487 aa  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 		 439 aa  66.2  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>