More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1020 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
459 aa  936    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0298  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 
486 aa  271  1e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  33.25 
 
 
423 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  30.32 
 
 
427 aa  160  4e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  30.75 
 
 
426 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  30.41 
 
 
399 aa  156  9e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
402 aa  152  1e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 
424 aa  149  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  30.71 
 
 
428 aa  138  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 
411 aa  123  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 
415 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
433 aa  119  7.999999999999999e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  29.12 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.09 
 
 
366 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
430 aa  119  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  28.02 
 
 
430 aa  119  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  28.26 
 
 
435 aa  117  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  32.14 
 
 
443 aa  117  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  26.08 
 
 
425 aa  118  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  30.7 
 
 
419 aa  114  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1215  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
402 aa  113  6e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000245671 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 
457 aa  113  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 
446 aa  113  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 
430 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.25 
 
 
403 aa  110  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  28 
 
 
410 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  28.03 
 
 
431 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.91 
 
 
426 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  25.3 
 
 
411 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  27.73 
 
 
410 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9091  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.12 
 
 
422 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306335  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 
410 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 
410 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.33 
 
 
430 aa  103  8e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0772443  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2420  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 
420 aa  103  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.228974 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  25.21 
 
 
434 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3337  extracellular solute-binding protein family 1  26.22 
 
 
427 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.806542  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0403  extracellular solute-binding protein family 1  29.38 
 
 
426 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.512139  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.34 
 
 
406 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  24.81 
 
 
440 aa  101  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1023  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
422 aa  100  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.705733  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
433 aa  99.8  9e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
423 aa  99.4  1e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.23 
 
 
410 aa  99  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3988  extracellular solute-binding protein family 1  27.85 
 
 
422 aa  97.8  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5074  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 
447 aa  97.8  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  26.56 
 
 
410 aa  97.8  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  27.01 
 
 
504 aa  96.7  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  25.69 
 
 
450 aa  95.9  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
419 aa  94.7  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0890  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 
450 aa  93.6  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.315589  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 
412 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 
412 aa  90.9  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 
459 aa  90.5  6e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  25.94 
 
 
437 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 
441 aa  89.7  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3553  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
419 aa  89  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0183  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 
429 aa  88.6  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  22.45 
 
 
429 aa  89  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0552  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
445 aa  89  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.764632 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
416 aa  89  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0501  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 
433 aa  88.2  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000488029  hitchhiker  0.0000184856 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0592  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
456 aa  88.2  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000165278  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3982  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 
435 aa  87.8  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  27.33 
 
 
407 aa  87  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
412 aa  87  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  23.7 
 
 
427 aa  87  7e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0274  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 
439 aa  86.7  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.285114  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 
432 aa  85.9  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 
433 aa  85.9  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
421 aa  85.9  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1045  extracellular solute-binding protein family 1  24.59 
 
 
488 aa  85.5  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0733801  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0698  extracellular solute-binding protein family 1  25.87 
 
 
428 aa  85.9  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0317884  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0358  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 
441 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 
466 aa  84.3  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.3 
 
 
420 aa  84.3  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6794  extracellular solute-binding protein family 1  24.7 
 
 
430 aa  84.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  24.11 
 
 
406 aa  82.8  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2194  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.79 
 
 
443 aa  82.8  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5852  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 
419 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 
444 aa  82.4  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
416 aa  82.4  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
414 aa  82  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1055  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 
418 aa  81.3  0.00000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.404897  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  26.99 
 
 
442 aa  80.9  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 
412 aa  80.9  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6090  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 
425 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4016  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.83 
 
 
437 aa  80.1  0.00000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  23.56 
 
 
445 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 
432 aa  80.1  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0192  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  22.25 
 
 
463 aa  79.7  0.0000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.245721  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 
442 aa  79.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3709  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
437 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 
419 aa  79.3  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3575  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.83 
 
 
437 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6765  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
419 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979933  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.78 
 
 
407 aa  79.3  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16190  extracellular solute-binding protein family 1  26.95 
 
 
401 aa  79  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00305219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>