More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4979 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  78.13 
 
 
439 aa  708    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
439 aa  896    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  82.19 
 
 
438 aa  711    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  78.13 
 
 
439 aa  708    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  64.42 
 
 
440 aa  558  1e-158  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  55.23 
 
 
448 aa  480  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 
386 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0271  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 
387 aa  161  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 
414 aa  138  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  27.53 
 
 
433 aa  130  6e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
411 aa  127  5e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
428 aa  119  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 
408 aa  112  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 
411 aa  107  4e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  26.46 
 
 
410 aa  107  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  29.14 
 
 
423 aa  103  8e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  28.91 
 
 
412 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 
444 aa  101  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  28.23 
 
 
412 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 
412 aa  100  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
513 aa  98.2  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  25.97 
 
 
437 aa  97.1  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 
435 aa  96.3  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 
484 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
419 aa  94.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 
419 aa  93.6  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 
425 aa  93.2  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
410 aa  92.4  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 
436 aa  90.9  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.07 
 
 
421 aa  90.1  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 
449 aa  89  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 
428 aa  88.2  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
413 aa  87  6e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 
442 aa  86.7  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 
421 aa  86.3  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 
439 aa  85.9  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
444 aa  85.5  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
498 aa  84.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 
447 aa  84  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.3 
 
 
399 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
421 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
421 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
416 aa  83.6  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  26.3 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.29 
 
 
486 aa  83.2  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  24.56 
 
 
442 aa  83.2  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.3 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.3 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.3 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.3 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 
424 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  29.13 
 
 
423 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
410 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
477 aa  81.6  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.05 
 
 
426 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
436 aa  82  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 
422 aa  81.3  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  27.46 
 
 
410 aa  81.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.37 
 
 
410 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 
466 aa  80.1  0.00000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.14 
 
 
439 aa  80.1  0.00000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
421 aa  79.3  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 
464 aa  79.7  0.0000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
421 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 
423 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  22.58 
 
 
443 aa  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  27.43 
 
 
439 aa  77.4  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  27.88 
 
 
458 aa  77.4  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  28.34 
 
 
439 aa  77  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
423 aa  76.6  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.61 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.63 
 
 
403 aa  75.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  25.97 
 
 
419 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
440 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 
410 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
434 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  21.49 
 
 
447 aa  75.1  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  24 
 
 
422 aa  75.5  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  27.11 
 
 
436 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 
417 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
428 aa  74.7  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
415 aa  74.7  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.62 
 
 
443 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
441 aa  74.3  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  26.1 
 
 
436 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.49 
 
 
422 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  29.74 
 
 
418 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 
428 aa  73.9  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 
437 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
410 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  25.45 
 
 
440 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
436 aa  73.2  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 
522 aa  73.2  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.13 
 
 
438 aa  73.2  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.36 
 
 
411 aa  72.4  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  29.49 
 
 
422 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 
426 aa  72.8  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>