More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3399 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 440 aa  897    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  64.22 
 
 		 439 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  64.22 
 
 		 439 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  65.94 
 
 		 438 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  64.42 
 
 		 439 aa  558  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  52.68 
 
 		 448 aa  439  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0271  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 		 387 aa  170  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 386 aa  170  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 		 411 aa  125  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 		 411 aa  125  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 428 aa  123  5e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 		 433 aa  110  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 411 aa  107  4e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 408 aa  99.4  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 439 aa  96.7  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 412 aa  94.7  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.81 
 
 		 412 aa  93.6  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 		 444 aa  92.8  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 		 412 aa  90.5  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  25.51 
 
 		 419 aa  89  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 423 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 419 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.54 
 
 		 423 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 410 aa  85.5  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 428 aa  84.3  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 413 aa  84.3  0.000000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 436 aa  84  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  23.73 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.06 
 
 		 426 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  25.06 
 
 		 426 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 		 477 aa  80.5  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  24.01 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.06 
 
 		 426 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.06 
 
 		 426 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  26.18 
 
 		 418 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.06 
 
 		 426 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.06 
 
 		 426 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.82 
 
 		 399 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  23.14 
 
 		 447 aa  78.2  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 513 aa  78.2  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 		 410 aa  76.6  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  27.02 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  22.42 
 
 		 437 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 		 410 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 425 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  23.63 
 
 		 422 aa  76.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2364  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.74 
 
 		 416 aa  75.5  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 		 442 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 444 aa  74.7  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.7 
 
 		 403 aa  74.3  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 		 437 aa  73.9  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.32 
 
 		 421 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 		 466 aa  73.2  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 399 aa  72.8  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 		 423 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  25.3 
 
 		 464 aa  72.8  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 		 423 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 		 433 aa  72.8  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 421 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 484 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 439 aa  71.2  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 436 aa  70.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  23.49 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 497 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 498 aa  70.5  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  25.74 
 
 		 439 aa  70.5  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1150  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 441 aa  70.5  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.344094  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  27.34 
 
 		 447 aa  69.7  0.00000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 422 aa  69.7  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 423 aa  69.7  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 		 454 aa  69.7  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0883  twin-arginine translocation pathway signal  25.68 
 
 		 450 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.767617  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0889  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 450 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.112478 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0900  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 450 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.38 
 
 		 424 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 451 aa  68.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 449 aa  68.2  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  26.96 
 
 		 418 aa  68.2  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.48 
 
 		 410 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 419 aa  67.4  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 		 431 aa  67.4  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 440 aa  67  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 		 426 aa  66.6  0.0000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  23.82 
 
 		 439 aa  66.6  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15040  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 458 aa  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.751229  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 		 435 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 424 aa  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  23.21 
 
 		 436 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 428 aa  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 432 aa  65.1  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  23.03 
 
 		 439 aa  64.3  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 		 424 aa  64.3  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>