More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0807 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
420 aa  858    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  55.47 
 
 
402 aa  464  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  56.47 
 
 
400 aa  454  1.0000000000000001e-126  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  51.92 
 
 
416 aa  437  1e-121  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 
465 aa  358  7e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 
465 aa  358  7e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 
465 aa  358  7e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  47.94 
 
 
433 aa  345  7e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11260  lipoprotein (sugar-binding) lpqY  40.63 
 
 
468 aa  328  9e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00432408 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  42.3 
 
 
423 aa  319  5e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1199  extracellular solute-binding protein family 1  37.09 
 
 
483 aa  304  2.0000000000000002e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.420226  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  36.97 
 
 
464 aa  274  2.0000000000000002e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  33.1 
 
 
436 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  32.86 
 
 
464 aa  220  3e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  34.54 
 
 
437 aa  213  4.9999999999999996e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  32.66 
 
 
447 aa  204  3e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  32.99 
 
 
427 aa  202  9.999999999999999e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  31.92 
 
 
429 aa  198  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  34.43 
 
 
419 aa  196  8.000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  32.71 
 
 
436 aa  195  1e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0446112  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.33 
 
 
434 aa  192  7e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.48952  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  30.61 
 
 
434 aa  180  4.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.77 
 
 
418 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 
428 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  31.54 
 
 
428 aa  178  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 
428 aa  178  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  31.46 
 
 
437 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  29.01 
 
 
425 aa  159  9e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
453 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  28.88 
 
 
440 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 
455 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  28.74 
 
 
436 aa  145  9e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  28.29 
 
 
438 aa  144  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  27.2 
 
 
446 aa  139  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
439 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 
421 aa  136  7.000000000000001e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  27.57 
 
 
426 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0477  ABC-type sugar transport systems ATPase components-like protein  40.72 
 
 
400 aa  134  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
436 aa  133  6.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 
423 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 
411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  30.05 
 
 
430 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
447 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
414 aa  125  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 
425 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  26.07 
 
 
422 aa  123  5e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 
422 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  31.56 
 
 
439 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  27.72 
 
 
421 aa  119  7e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
419 aa  119  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 
421 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.15 
 
 
421 aa  113  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  26.39 
 
 
433 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
424 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  28.03 
 
 
423 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
412 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  26.45 
 
 
412 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  27.7 
 
 
464 aa  105  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.45 
 
 
412 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 
423 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.03 
 
 
424 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
420 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 
413 aa  101  2e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 
363 aa  100  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
415 aa  97.8  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 
430 aa  97.8  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  25.74 
 
 
522 aa  97.1  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  28.21 
 
 
406 aa  97.1  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  28.75 
 
 
419 aa  96.7  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
416 aa  96.3  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 
411 aa  95.1  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 
419 aa  94.7  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 
418 aa  94.4  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 
466 aa  91.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 
431 aa  92  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  28.13 
 
 
433 aa  87.4  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 
419 aa  87.4  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0753  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.67 
 
 
454 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0836002  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9021  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.44 
 
 
521 aa  85.1  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0011  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 
473 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0936464  normal  0.0312936 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 
435 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
437 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.44 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 
448 aa  83.6  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
433 aa  83.6  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  22.88 
 
 
421 aa  83.2  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
424 aa  83.2  0.000000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25.16 
 
 
431 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  27.62 
 
 
724 aa  80.5  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 
444 aa  79.7  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 
410 aa  79.7  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 
386 aa  79  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 
382 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
453 aa  76.6  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 
429 aa  76.6  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 
435 aa  75.1  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.59 
 
 
496 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3144  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.33 
 
 
460 aa  74.7  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>