More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3355 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
436 aa  875    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.04 
 
 
418 aa  198  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  35.34 
 
 
419 aa  195  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  33.65 
 
 
434 aa  195  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  32.7 
 
 
428 aa  194  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  32.28 
 
 
428 aa  181  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
428 aa  169  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
411 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
411 aa  164  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  32.49 
 
 
400 aa  162  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 
453 aa  160  5e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  31.51 
 
 
426 aa  157  3e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 
411 aa  157  3e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  30.83 
 
 
430 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  29.16 
 
 
437 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
414 aa  154  2.9999999999999998e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  32.76 
 
 
448 aa  154  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  32.26 
 
 
402 aa  152  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 
413 aa  150  6e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  31.71 
 
 
420 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 
439 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 
433 aa  140  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  28.5 
 
 
464 aa  139  7e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 
436 aa  139  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
455 aa  139  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 
423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 
419 aa  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
466 aa  137  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 
465 aa  137  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 
465 aa  137  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 
465 aa  137  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  29.66 
 
 
438 aa  133  5e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  27.3 
 
 
446 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  34.03 
 
 
425 aa  129  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 
423 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 
447 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  29 
 
 
422 aa  126  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  30.4 
 
 
439 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.63 
 
 
424 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 
425 aa  123  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  28.95 
 
 
429 aa  123  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  28.4 
 
 
416 aa  122  8e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
424 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  27.55 
 
 
440 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
412 aa  122  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11260  lipoprotein (sugar-binding) lpqY  29.1 
 
 
468 aa  121  3e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00432408 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
421 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1199  extracellular solute-binding protein family 1  26.23 
 
 
483 aa  120  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.420226  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  28.19 
 
 
464 aa  120  7e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
464 aa  120  7e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 
421 aa  119  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 
412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  27.58 
 
 
415 aa  118  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  29.74 
 
 
522 aa  117  6e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
436 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.29 
 
 
421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  28.31 
 
 
422 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0753  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.97 
 
 
454 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0836002  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  29.3 
 
 
423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  27.34 
 
 
419 aa  110  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
437 aa  109  8.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.21 
 
 
434 aa  109  9.000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.48952  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  27.4 
 
 
418 aa  107  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  27.97 
 
 
433 aa  107  4e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9021  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.24 
 
 
521 aa  106  7e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 
423 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 
421 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  27.68 
 
 
421 aa  105  2e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 
363 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  24.67 
 
 
412 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  25.2 
 
 
412 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
420 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15040  extracellular solute-binding protein family 1  26.08 
 
 
458 aa  100  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.751229  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 
447 aa  100  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 
427 aa  97.4  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
444 aa  96.3  9e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0011  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 
473 aa  95.5  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0936464  normal  0.0312936 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  24.65 
 
 
411 aa  93.6  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  28.8 
 
 
724 aa  89.4  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  29.68 
 
 
427 aa  88.2  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  29.34 
 
 
431 aa  87.8  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.18 
 
 
436 aa  88.2  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0446112  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0986  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
449 aa  81.6  0.00000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.265801 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  22.85 
 
 
416 aa  80.1  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 
431 aa  80.1  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 
419 aa  78.2  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1617  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
460 aa  76.6  0.0000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1865  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
454 aa  76.3  0.0000000000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4090  twin-arginine translocation pathway signal  29.25 
 
 
440 aa  75.9  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.25614 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  23.44 
 
 
449 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
424 aa  74.7  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 
426 aa  74.7  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  24.93 
 
 
447 aa  73.6  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
439 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
439 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2264  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 
514 aa  72.4  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.337461  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.91 
 
 
496 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
412 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 
435 aa  72.8  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>