More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0547 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  100 
 
 		 447 aa  913    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  53.76 
 
 		 449 aa  495  1e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 		 449 aa  342  5e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  28.6 
 
 		 443 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 444 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 477 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 		 433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 		 411 aa  131  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 411 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 498 aa  123  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 428 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3495  extracellular solute-binding protein, family 1  26.29 
 
 		 487 aa  116  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  26.76 
 
 		 484 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  29.13 
 
 		 442 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 455 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 411 aa  111  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  28.85 
 
 		 442 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 		 435 aa  108  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 		 431 aa  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  27.73 
 
 		 446 aa  107  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5738  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.93 
 
 		 452 aa  106  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.599702  normal  0.0824986 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 		 415 aa  106  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 436 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4399  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 455 aa  104  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0609802  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 		 458 aa  103  8e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.3 
 
 		 419 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 		 435 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 		 444 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.62 
 
 		 422 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 439 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.62 
 
 		 422 aa  102  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 		 426 aa  102  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 436 aa  101  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 422 aa  101  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.04 
 
 		 438 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 438 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 439 aa  99.4  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 		 412 aa  99.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 		 428 aa  97.8  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  25.95 
 
 		 434 aa  97.8  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 424 aa  96.7  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 421 aa  96.7  8e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 412 aa  96.7  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  26.65 
 
 		 439 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 428 aa  96.3  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 447 aa  95.1  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 444 aa  95.1  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.1 
 
 		 426 aa  95.1  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  23.48 
 
 		 437 aa  94.4  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 436 aa  94  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  24.01 
 
 		 437 aa  94  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 428 aa  94  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 436 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  25.19 
 
 		 429 aa  90.9  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 		 446 aa  90.9  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.91 
 
 		 418 aa  90.5  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 		 412 aa  90.5  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 412 aa  90.5  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.73 
 
 		 496 aa  90.1  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 435 aa  89.4  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  24.29 
 
 		 438 aa  89.4  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2539  putative ABC transporter, substrate binding protein  24.33 
 
 		 437 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 439 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0883  twin-arginine translocation pathway signal  25.26 
 
 		 450 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.767617  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 436 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 439 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 423 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0900  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 450 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 412 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0889  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 450 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.112478 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.14 
 
 		 326 aa  87.8  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 		 419 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 		 438 aa  87.8  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.08 
 
 		 366 aa  87  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 436 aa  87.4  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 		 435 aa  87  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.67 
 
 		 411 aa  86.7  8e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 436 aa  86.3  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  23.78 
 
 		 435 aa  86.3  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 436 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  24.51 
 
 		 470 aa  86.3  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3042  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0658677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 436 aa  85.5  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  24.49 
 
 		 454 aa  85.5  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 423 aa  84.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 		 447 aa  85.1  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0271  extracellular solute-binding protein family 1  23.37 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  21.21 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  25.64 
 
 		 450 aa  84.3  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 440 aa  84.3  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 436 aa  84.3  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 436 aa  84.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 		 433 aa  84.3  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 413 aa  84  0.000000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.07 
 
 		 439 aa  84  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  25.77 
 
 		 422 aa  84  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>