More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1262 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 424 aa  872    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  36 
 
 		 441 aa  229  7e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2624  extracellular solute-binding protein  37.14 
 
 		 444 aa  228  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 443 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 443 aa  216  7e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 443 aa  216  8e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 		 432 aa  209  7e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  30.19 
 
 		 422 aa  157  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  30.19 
 
 		 422 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 422 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 428 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  30.66 
 
 		 419 aa  139  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  29.54 
 
 		 431 aa  136  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 449 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 		 443 aa  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.01 
 
 		 496 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 446 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  29.64 
 
 		 440 aa  124  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 436 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  31.66 
 
 		 435 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  26.54 
 
 		 439 aa  120  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 428 aa  118  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.09 
 
 		 440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 455 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 455 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 444 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 		 478 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 		 437 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.71 
 
 		 443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 		 447 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 484 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  32.33 
 
 		 435 aa  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 		 440 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 437 aa  112  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  28.71 
 
 		 447 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 		 450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 		 436 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 441 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 437 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 436 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  26.2 
 
 		 468 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 435 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 		 436 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 447 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 434 aa  107  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 436 aa  106  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 439 aa  106  8e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 436 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  25.7 
 
 		 470 aa  105  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 436 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 435 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 421 aa  104  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 436 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 440 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1420  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 478 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 451 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  27.19 
 
 		 436 aa  103  8e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 434 aa  103  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 		 436 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 497 aa  101  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 441 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 		 435 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 441 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 441 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 397 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3021  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 487 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.83 
 
 		 419 aa  100  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 435 aa  99.8  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 411 aa  99.8  9e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 441 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 411 aa  99  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 441 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 439 aa  99  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  29.1 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  29.1 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 414 aa  98.6  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  28.28 
 
 		 438 aa  99  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  29.1 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  29.1 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 435 aa  98.6  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3164  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 467 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.625995  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  29.1 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  29.1 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  26.53 
 
 		 439 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 498 aa  97.8  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 443 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  23.33 
 
 		 452 aa  98.2  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3415  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 438 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.136491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 428 aa  97.4  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1357  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 467 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000953949 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 428 aa  97.4  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>