More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4037 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  100 
 
 
429 aa  881    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0804  extracellular solute-binding protein  40.67 
 
 
434 aa  330  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793174  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  30.84 
 
 
428 aa  211  1e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  28.68 
 
 
433 aa  163  7e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  28.01 
 
 
464 aa  162  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
397 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  30.58 
 
 
439 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 
444 aa  137  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 
442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  28.74 
 
 
495 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7451  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
499 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2164  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 
481 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  25.63 
 
 
442 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3225  putative sugar ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  28.5 
 
 
479 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0178955  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4078  extracellular solute-binding protein family 1  28.02 
 
 
474 aa  122  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.305211  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2566  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
478 aa  116  7.999999999999999e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  26.63 
 
 
439 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2011  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 
480 aa  112  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
455 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 
452 aa  111  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
480 aa  110  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.96 
 
 
422 aa  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.96 
 
 
422 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
422 aa  107  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  27.5 
 
 
447 aa  105  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2555  twin-arginine translocation pathway signal  26.67 
 
 
475 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2600  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
475 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  28.48 
 
 
454 aa  104  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2594  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 
475 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0396421  normal  0.707884 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 
441 aa  104  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 
478 aa  103  5e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 
450 aa  101  3e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
447 aa  97.4  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 
437 aa  97.8  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 
438 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
453 aa  97.4  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
424 aa  96.7  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.1 
 
 
423 aa  96.3  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  27.64 
 
 
439 aa  96.3  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  22.78 
 
 
449 aa  95.9  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  24.27 
 
 
426 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.27 
 
 
426 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
437 aa  95.1  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.67 
 
 
438 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 
436 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.98 
 
 
426 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.98 
 
 
426 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.98 
 
 
426 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.98 
 
 
426 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  27.87 
 
 
442 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
442 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  27.67 
 
 
440 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  27.87 
 
 
442 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  27.87 
 
 
442 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  27.87 
 
 
442 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  27.87 
 
 
442 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  27.87 
 
 
442 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 
435 aa  93.6  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
436 aa  93.2  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24 
 
 
421 aa  92.8  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  27.18 
 
 
441 aa  92.4  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 
436 aa  92.8  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
436 aa  92.4  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  25.28 
 
 
436 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
436 aa  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 
435 aa  91.7  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  28.14 
 
 
470 aa  92  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  26.99 
 
 
441 aa  91.3  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.9 
 
 
399 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
436 aa  91.3  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 
468 aa  91.3  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 
435 aa  90.9  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 
439 aa  89.7  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.14 
 
 
443 aa  89.7  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 
437 aa  89.7  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 
436 aa  89  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.73 
 
 
440 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
436 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 
423 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 
436 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 
440 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
435 aa  87.8  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
434 aa  87.4  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
443 aa  87.4  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
441 aa  87  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  25.12 
 
 
447 aa  87  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
441 aa  87  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
441 aa  87  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 
419 aa  86.7  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 
435 aa  86.7  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.18 
 
 
441 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  25 
 
 
440 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
436 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
440 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
440 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
441 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
441 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
432 aa  84.7  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>