187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3225 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3225  putative sugar ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  100 
 
 		 479 aa  981    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0178955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2164  extracellular solute-binding protein  69.85 
 
 		 481 aa  699    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2011  extracellular solute-binding protein  59.17 
 
 		 480 aa  589  1e-167  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2566  extracellular solute-binding protein  58.16 
 
 		 478 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  50.1 
 
 		 495 aa  476  1e-133  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4078  extracellular solute-binding protein family 1  43.1 
 
 		 474 aa  377  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.305211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  44.75 
 
 		 439 aa  378  1e-103  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  40.52 
 
 		 480 aa  330  5.0000000000000004e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2555  twin-arginine translocation pathway signal  38.05 
 
 		 475 aa  318  1e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2600  extracellular solute-binding protein  38.05 
 
 		 475 aa  318  1e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2594  extracellular solute-binding protein  38.05 
 
 		 475 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0396421  normal  0.707884 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7451  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 499 aa  264  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 428 aa  144  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  28.28 
 
 		 429 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0804  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 434 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  26.7 
 
 		 439 aa  108  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 433 aa  108  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  23.06 
 
 		 447 aa  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  22.33 
 
 		 468 aa  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 		 436 aa  107  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.24 
 
 		 443 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 447 aa  106  9e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 		 440 aa  106  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 443 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 434 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 444 aa  103  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 		 442 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 436 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  24.49 
 
 		 450 aa  103  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  26.35 
 
 		 439 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 441 aa  100  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 442 aa  100  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  24.56 
 
 		 437 aa  100  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.89 
 
 		 440 aa  100  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 444 aa  99.4  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  24.88 
 
 		 435 aa  99  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 447 aa  98.6  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 397 aa  98.2  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 436 aa  95.1  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  22.79 
 
 		 443 aa  95.1  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 		 478 aa  94.7  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 441 aa  93.6  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 441 aa  93.6  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 441 aa  93.6  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  22.99 
 
 		 464 aa  93.6  8e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.82 
 
 		 441 aa  92  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 441 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 441 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  23.06 
 
 		 435 aa  90.1  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 436 aa  90.1  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  24.28 
 
 		 441 aa  90.1  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 439 aa  89.4  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 440 aa  89.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  23.59 
 
 		 435 aa  89.4  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 435 aa  88.6  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  23.65 
 
 		 438 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34420  putative binding protein component of ABC maltose/mannitol transporter  23.17 
 
 		 436 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000870468  normal  0.425479 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 439 aa  88.2  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 436 aa  87.8  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  24.76 
 
 		 441 aa  87.4  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 		 436 aa  87  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  23.72 
 
 		 442 aa  87  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 442 aa  87  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  23.72 
 
 		 442 aa  87  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  23.72 
 
 		 442 aa  87  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  23.72 
 
 		 442 aa  87  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  23.72 
 
 		 442 aa  87  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  23.72 
 
 		 442 aa  87  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  24.2 
 
 		 436 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 		 436 aa  85.5  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 437 aa  84.7  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 437 aa  84.3  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  22.39 
 
 		 436 aa  83.2  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 455 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 455 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 436 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  22.2 
 
 		 438 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  22.17 
 
 		 455 aa  81.6  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 		 439 aa  81.3  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  23.34 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  22.05 
 
 		 449 aa  80.9  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 498 aa  80.1  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2925  putative maltose/mannitol ABC transporter binding protein subunit  24.19 
 
 		 436 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.732093  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  21.36 
 
 		 452 aa  79  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  21.23 
 
 		 453 aa  78.6  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.78 
 
 		 422 aa  79  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.78 
 
 		 422 aa  78.2  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 422 aa  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  22.93 
 
 		 438 aa  76.6  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  22.33 
 
 		 436 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  22.11 
 
 		 454 aa  75.5  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  22.09 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  22.68 
 
 		 440 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  22.72 
 
 		 435 aa  72.4  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  22.38 
 
 		 470 aa  72.4  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 477 aa  69.3  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 		 458 aa  69.3  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>