More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_03700 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  100 
 
 
464 aa  939    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  74.65 
 
 
433 aa  621  1e-177  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 
397 aa  223  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  35.36 
 
 
428 aa  214  1.9999999999999998e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  28.39 
 
 
429 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  29.43 
 
 
439 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0804  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
434 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793174  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.49 
 
 
422 aa  136  8e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.53 
 
 
422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
422 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 
442 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
444 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  27 
 
 
442 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
436 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  31 
 
 
453 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 
428 aa  117  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.21 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  28.21 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.21 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.21 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.21 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.21 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
411 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 
411 aa  111  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  27.1 
 
 
441 aa  111  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 
439 aa  110  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.64 
 
 
440 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.88 
 
 
441 aa  107  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
440 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 
455 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
441 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
441 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
441 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
441 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
441 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
435 aa  105  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  27.33 
 
 
440 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 
440 aa  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
436 aa  103  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 
435 aa  103  8e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 
439 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.49 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.49 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
447 aa  103  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
434 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 
437 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.49 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.49 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.78 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  28.49 
 
 
426 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 
414 aa  102  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  28.45 
 
 
452 aa  102  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  26.22 
 
 
449 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  28.06 
 
 
436 aa  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  26.45 
 
 
441 aa  100  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
440 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.81 
 
 
399 aa  99.4  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  25.68 
 
 
440 aa  99  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  23.95 
 
 
435 aa  99  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
424 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
435 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
432 aa  98.6  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 
439 aa  97.4  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2594  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
475 aa  96.7  7e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0396421  normal  0.707884 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2555  twin-arginine translocation pathway signal  24.55 
 
 
475 aa  96.7  8e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
411 aa  96.7  8e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2600  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
475 aa  96.7  8e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  27.51 
 
 
423 aa  95.9  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 
480 aa  96.3  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  26.24 
 
 
470 aa  95.9  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
434 aa  95.1  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
441 aa  95.1  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 
437 aa  93.6  7e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3225  putative sugar ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  22.99 
 
 
479 aa  93.2  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0178955  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
436 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  27.16 
 
 
435 aa  92.8  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 
478 aa  92.4  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.62 
 
 
438 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 
436 aa  92.4  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  21.56 
 
 
495 aa  91.7  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  26.91 
 
 
446 aa  91.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  27.79 
 
 
450 aa  91.7  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
421 aa  91.3  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 
423 aa  90.9  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  26.27 
 
 
447 aa  90.5  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
438 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
436 aa  90.1  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
421 aa  90.1  8e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
423 aa  90.1  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  27.04 
 
 
436 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
436 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
439 aa  89.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  25.68 
 
 
439 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  23.82 
 
 
439 aa  89  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
436 aa  89  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  28.98 
 
 
438 aa  88.6  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
436 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  26.38 
 
 
436 aa  87  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  23.94 
 
 
440 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>