More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2358 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  77.7 
 
 		 436 aa  690    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  77.47 
 
 		 436 aa  694    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  84.81 
 
 		 436 aa  776    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 441 aa  902    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  72.5 
 
 		 435 aa  654    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  70.4 
 
 		 447 aa  665    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  80.05 
 
 		 436 aa  738    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  77.38 
 
 		 437 aa  704    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  75.34 
 
 		 437 aa  686    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  71.66 
 
 		 435 aa  637    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  85.71 
 
 		 436 aa  781    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  73.52 
 
 		 443 aa  678    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  77.24 
 
 		 436 aa  692    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  79.01 
 
 		 439 aa  732    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  68.93 
 
 		 435 aa  610  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  62.95 
 
 		 439 aa  565  1e-160  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 		 439 aa  558  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  59.45 
 
 		 440 aa  559  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  62.17 
 
 		 436 aa  556  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  61.61 
 
 		 436 aa  556  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  61.68 
 
 		 434 aa  555  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  59 
 
 		 440 aa  551  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  61.83 
 
 		 436 aa  539  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  56.69 
 
 		 438 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  59.22 
 
 		 440 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  56.33 
 
 		 438 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  60.33 
 
 		 434 aa  537  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  60.19 
 
 		 440 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  58.55 
 
 		 438 aa  531  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  58.06 
 
 		 436 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34420  putative binding protein component of ABC maltose/mannitol transporter  60 
 
 		 436 aa  531  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000870468  normal  0.425479 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  59.81 
 
 		 440 aa  526  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  59.32 
 
 		 437 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  58.73 
 
 		 436 aa  524  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  57.4 
 
 		 453 aa  522  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  59.06 
 
 		 443 aa  523  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  56.91 
 
 		 435 aa  517  1.0000000000000001e-145  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  61.81 
 
 		 439 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  55.94 
 
 		 435 aa  517  1.0000000000000001e-145  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  60 
 
 		 436 aa  515  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2925  putative maltose/mannitol ABC transporter binding protein subunit  59.08 
 
 		 436 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.732093  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  59.32 
 
 		 441 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  58.84 
 
 		 440 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  59.32 
 
 		 441 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  59.32 
 
 		 441 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  58.11 
 
 		 442 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  58.11 
 
 		 442 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  58.88 
 
 		 441 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  57.18 
 
 		 454 aa  504  9.999999999999999e-143  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  58.6 
 
 		 441 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  58.6 
 
 		 441 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.11 
 
 		 442 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.11 
 
 		 442 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.11 
 
 		 442 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.11 
 
 		 442 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  58.11 
 
 		 442 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  58.55 
 
 		 436 aa  499  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  57.8 
 
 		 441 aa  501  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  57.07 
 
 		 441 aa  497  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  56 
 
 		 447 aa  491  1e-137  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3415  extracellular solute-binding protein  54.18 
 
 		 438 aa  485  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.136491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  53.92 
 
 		 435 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  45.81 
 
 		 455 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  45.81 
 
 		 455 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  44.36 
 
 		 452 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  45.95 
 
 		 450 aa  366  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  45.35 
 
 		 455 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  45.85 
 
 		 478 aa  352  7e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  44.47 
 
 		 447 aa  343  2.9999999999999997e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  41.18 
 
 		 468 aa  330  4e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.17 
 
 		 675 aa  264  3e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.86 
 
 		 422 aa  144  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.37 
 
 		 422 aa  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 422 aa  142  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 		 439 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 428 aa  127  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.6 
 
 		 426 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.6 
 
 		 426 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.6 
 
 		 426 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.6 
 
 		 426 aa  126  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.6 
 
 		 426 aa  126  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  31.6 
 
 		 426 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.6 
 
 		 399 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  30.62 
 
 		 423 aa  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.83 
 
 		 421 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  31.74 
 
 		 423 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  25.13 
 
 		 449 aa  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 		 443 aa  113  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 424 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 		 421 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 		 421 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 421 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 		 495 aa  106  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  26.27 
 
 		 433 aa  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 436 aa  104  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 444 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  28.24 
 
 		 442 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3225  putative sugar ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  25.43 
 
 		 479 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0178955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 412 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>