More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1756 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
439 aa  900    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  60.09 
 
 
444 aa  549  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  57.83 
 
 
442 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  57.83 
 
 
442 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 
428 aa  197  4.0000000000000005e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  29.43 
 
 
464 aa  155  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 
443 aa  150  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  31.04 
 
 
449 aa  149  7e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.8 
 
 
422 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.8 
 
 
422 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 
422 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0804  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
434 aa  146  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793174  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 
433 aa  145  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5703  extracellular solute-binding protein family 1  29.15 
 
 
455 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  27.08 
 
 
495 aa  137  4e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 
397 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  28.91 
 
 
423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.15 
 
 
399 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  28.57 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.57 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.57 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.57 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.57 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.57 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  30.57 
 
 
435 aa  129  8.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.91 
 
 
421 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 
421 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
447 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  31 
 
 
421 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  31 
 
 
421 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
436 aa  123  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 
440 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2566  extracellular solute-binding protein  27 
 
 
478 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  28.66 
 
 
435 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.07 
 
 
440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 
477 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
449 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  27.36 
 
 
452 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 
480 aa  117  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7451  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 
499 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  29.71 
 
 
440 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  25.69 
 
 
429 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
441 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
441 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
441 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2164  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
481 aa  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 
440 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  28.99 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.71 
 
 
441 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
441 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 
439 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
441 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.99 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.99 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.99 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.99 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  28.99 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  26.29 
 
 
439 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  26.82 
 
 
436 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  29.18 
 
 
441 aa  111  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 
433 aa  111  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
450 aa  110  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3225  putative sugar ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  26.3 
 
 
479 aa  110  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0178955  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  28.21 
 
 
441 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  25.8 
 
 
470 aa  108  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  28.16 
 
 
443 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 
435 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4078  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 
474 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.305211  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 
436 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2555  twin-arginine translocation pathway signal  24.1 
 
 
475 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  30.14 
 
 
453 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2600  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 
475 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 
478 aa  107  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  26.88 
 
 
425 aa  107  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2594  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 
475 aa  107  5e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0396421  normal  0.707884 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
436 aa  107  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 
436 aa  106  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  30.55 
 
 
436 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 
455 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 
455 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 
441 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 
455 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
436 aa  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 
436 aa  103  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 
458 aa  103  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 
434 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
435 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
440 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  27.33 
 
 
435 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  27.67 
 
 
454 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
411 aa  100  5e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
439 aa  100  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
411 aa  100  6e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 
436 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
436 aa  99.4  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
437 aa  99  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
432 aa  99  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>