More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5703 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5703  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
455 aa  935    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  29.15 
 
 
439 aa  139  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  28.22 
 
 
442 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  28.49 
 
 
442 aa  120  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
428 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  24.09 
 
 
443 aa  99.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0804  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
434 aa  94.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793174  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 
436 aa  93.6  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 
434 aa  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
444 aa  91.7  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  26.16 
 
 
449 aa  91.3  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4078  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
474 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.305211  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  25.27 
 
 
470 aa  89  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  22.88 
 
 
439 aa  86.3  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.32 
 
 
422 aa  85.9  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 
436 aa  86.3  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  23.67 
 
 
435 aa  85.1  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.32 
 
 
422 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  25.12 
 
 
464 aa  85.1  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
422 aa  84.7  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.39 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.39 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3415  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
438 aa  83.6  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.136491  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.39 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.39 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  25.39 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.51 
 
 
421 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.1 
 
 
399 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25 
 
 
423 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
424 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4400  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 
433 aa  82.4  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.13 
 
 
426 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 
439 aa  80.9  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
436 aa  81.3  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7451  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
499 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 
414 aa  80.9  0.00000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  21.9 
 
 
437 aa  80.5  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  23.36 
 
 
440 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  23.18 
 
 
439 aa  79.7  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 
411 aa  78.6  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 
411 aa  79  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2539  putative ABC transporter, substrate binding protein  23.37 
 
 
437 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 
423 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  27.99 
 
 
425 aa  77.4  0.0000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 
434 aa  77  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 
435 aa  77  0.0000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 
443 aa  77.4  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.95 
 
 
440 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  24.8 
 
 
441 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  24.68 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
447 aa  76.3  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  25.7 
 
 
439 aa  75.9  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
455 aa  76.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
455 aa  76.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.68 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.68 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.68 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.68 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.68 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
441 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
441 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
441 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
441 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 
455 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
441 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  24.17 
 
 
441 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
440 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
436 aa  74.3  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 
421 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 
421 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 
413 aa  73.9  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.4 
 
 
441 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 
440 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  21.85 
 
 
436 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 
435 aa  70.5  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 
435 aa  70.5  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
439 aa  70.5  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.19 
 
 
438 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  22.12 
 
 
397 aa  69.7  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  22.38 
 
 
436 aa  69.7  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  21.95 
 
 
452 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  21.41 
 
 
436 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 
450 aa  67.8  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  23.6 
 
 
429 aa  67.4  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 
435 aa  67  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
484 aa  67  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.72 
 
 
421 aa  66.6  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
455 aa  66.6  0.0000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  22.17 
 
 
436 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 
443 aa  66.2  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
386 aa  65.5  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
438 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 
439 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 
446 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 
439 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 
412 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  21.52 
 
 
435 aa  65.1  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>