More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3812 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  78.02 
 
 		 421 aa  650    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 423 aa  865    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  76.96 
 
 		 421 aa  684    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  63.16 
 
 		 422 aa  557  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  65.46 
 
 		 425 aa  548  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  49.12 
 
 		 439 aa  392  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  48.79 
 
 		 430 aa  390  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  47.02 
 
 		 423 aa  385  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  48.26 
 
 		 419 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  48.99 
 
 		 421 aa  380  1e-104  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  44.89 
 
 		 423 aa  376  1e-103  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  44.34 
 
 		 424 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  44.67 
 
 		 424 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  41 
 
 		 421 aa  357  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 		 420 aa  347  2e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  40.91 
 
 		 522 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  40.35 
 
 		 411 aa  280  3e-74  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  40.35 
 
 		 411 aa  280  3e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  42.75 
 
 		 411 aa  279  7e-74  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 428 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  41.79 
 
 		 414 aa  271  1e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  39.45 
 
 		 413 aa  270  2e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 		 412 aa  211  2e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 		 455 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  35.66 
 
 		 419 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 436 aa  194  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.63 
 
 		 418 aa  193  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  33.68 
 
 		 446 aa  192  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  33.95 
 
 		 437 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  34.69 
 
 		 439 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  29.72 
 
 		 425 aa  189  7e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  32.3 
 
 		 426 aa  183  6e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 453 aa  177  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  34.34 
 
 		 466 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  31.92 
 
 		 438 aa  170  4e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  35.58 
 
 		 434 aa  170  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  34.65 
 
 		 428 aa  169  7e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  32.32 
 
 		 464 aa  167  2e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  31.68 
 
 		 418 aa  166  9e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 428 aa  165  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  31.78 
 
 		 419 aa  163  6e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  28.72 
 
 		 440 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 		 363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 		 447 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  35.23 
 
 		 421 aa  150  5e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  32.46 
 
 		 433 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  28.65 
 
 		 422 aa  137  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.29 
 
 		 402 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  31.98 
 
 		 420 aa  130  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  31.59 
 
 		 436 aa  129  8.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 433 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  28.77 
 
 		 437 aa  117  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 416 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  29.97 
 
 		 431 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 		 412 aa  112  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  29.57 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 419 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 		 412 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  27.43 
 
 		 419 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  28.61 
 
 		 412 aa  107  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 439 aa  106  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  27.23 
 
 		 464 aa  106  9e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2482  extracellular solute-binding protein family 1  29.66 
 
 		 400 aa  104  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0758562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  25.53 
 
 		 431 aa  105  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2264  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 		 514 aa  101  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.337461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 465 aa  99.8  9e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 465 aa  99.8  9e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 465 aa  99.8  9e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 412 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 439 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 439 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.67 
 
 		 496 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 446 aa  98.6  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 		 429 aa  98.6  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11260  lipoprotein (sugar-binding) lpqY  27.06 
 
 		 468 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432408 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  28.04 
 
 		 447 aa  97.8  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 412 aa  97.4  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.06 
 
 		 436 aa  97.4  5e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0446112  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.83 
 
 		 426 aa  97.1  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0013  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 511 aa  97.1  5e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.957035  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  26.68 
 
 		 400 aa  95.9  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  29.89 
 
 		 435 aa  96.3  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.47 
 
 		 439 aa  95.9  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  29.07 
 
 		 430 aa  95.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 		 427 aa  95.1  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  28.65 
 
 		 448 aa  94.7  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 416 aa  94.4  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 		 411 aa  94.4  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 464 aa  93.6  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.23 
 
 		 439 aa  92.8  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 		 436 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 		 458 aa  92  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 382 aa  91.3  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.99 
 
 		 434 aa  91.3  3e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.48952  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  29 
 
 		 424 aa  90.5  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03700  carbohydrate-binding protein  27.02 
 
 		 464 aa  90.1  6e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.720711 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 		 415 aa  90.1  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29 
 
 		 420 aa  89.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  26.64 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>