263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1113 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
437 aa  878    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  58.81 
 
 
427 aa  479  1e-134  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  57.99 
 
 
429 aa  477  1e-133  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  54.84 
 
 
434 aa  457  1e-127  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.48952  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  57.18 
 
 
447 aa  449  1e-125  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  48.31 
 
 
436 aa  406  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0446112  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  40.57 
 
 
464 aa  337  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  40.1 
 
 
436 aa  322  7e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 
423 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  35.07 
 
 
400 aa  211  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  34.55 
 
 
420 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  33.26 
 
 
464 aa  209  8e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 
465 aa  206  8e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 
465 aa  206  8e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 
465 aa  206  8e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  33.94 
 
 
416 aa  205  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  34.99 
 
 
433 aa  202  7e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.82 
 
 
402 aa  198  1.0000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1199  extracellular solute-binding protein family 1  31.81 
 
 
483 aa  191  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.420226  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11260  lipoprotein (sugar-binding) lpqY  33.09 
 
 
468 aa  186  6e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00432408 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
428 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  28.18 
 
 
419 aa  136  9e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 
434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.98 
 
 
421 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.73 
 
 
418 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
425 aa  117  5e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 
428 aa  116  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 
411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
428 aa  113  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 
411 aa  113  6e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
413 aa  110  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
421 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
436 aa  109  9.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
453 aa  106  8e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 
455 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 
466 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  27.29 
 
 
423 aa  100  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 
439 aa  100  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
420 aa  99  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
411 aa  98.6  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  29.05 
 
 
430 aa  98.2  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  24.13 
 
 
426 aa  97.4  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
424 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 
439 aa  97.4  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 
425 aa  97.1  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 
422 aa  94.7  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  27.08 
 
 
464 aa  94.7  3e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 
414 aa  94.4  4e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
436 aa  92.4  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.12 
 
 
424 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
419 aa  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 
421 aa  91.7  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  23.8 
 
 
446 aa  92  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 
437 aa  92  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  21.36 
 
 
440 aa  87.4  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  24.65 
 
 
433 aa  83.6  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 
423 aa  83.6  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 
412 aa  83.2  0.000000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 
522 aa  82.8  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 
447 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9021  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.4 
 
 
521 aa  81.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
416 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  23.1 
 
 
412 aa  78.2  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  23.03 
 
 
422 aa  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0753  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.68 
 
 
454 aa  77.4  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0836002  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 
449 aa  76.6  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 
418 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  22.54 
 
 
412 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
421 aa  73.9  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  23.61 
 
 
431 aa  73.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.85 
 
 
426 aa  73.6  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
439 aa  73.2  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  25 
 
 
421 aa  73.2  0.000000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  23.87 
 
 
419 aa  71.2  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  23.26 
 
 
437 aa  70.9  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  26.96 
 
 
425 aa  70.1  0.00000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 
444 aa  70.1  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 
412 aa  69.7  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  22.11 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1170  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 
397 aa  67.4  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.441465  normal  0.43389 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23010  extracellular solute-binding protein family 1  20.28 
 
 
436 aa  66.6  0.0000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000978171  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 
513 aa  66.6  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3712  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 
421 aa  66.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.411366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  24.74 
 
 
724 aa  65.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  24.05 
 
 
438 aa  65.5  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
363 aa  64.7  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
436 aa  64.7  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 
448 aa  65.1  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 
410 aa  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 
427 aa  62.8  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  25.27 
 
 
447 aa  62.4  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0984  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
392 aa  62.4  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000118485  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0966  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
392 aa  62.8  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000011003  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  24.45 
 
 
431 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1120  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  22.35 
 
 
419 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000383609  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  21.54 
 
 
411 aa  62.4  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 
410 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  21.49 
 
 
430 aa  61.6  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>