More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4395 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
420 aa  865    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  46.97 
 
 
419 aa  403  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  43.13 
 
 
424 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  48.85 
 
 
439 aa  396  1e-109  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  43.13 
 
 
424 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  45.86 
 
 
423 aa  381  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  43.77 
 
 
421 aa  364  1e-99  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  43.61 
 
 
421 aa  355  6.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  44.31 
 
 
421 aa  352  5.9999999999999994e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  44.33 
 
 
423 aa  351  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  43.33 
 
 
430 aa  347  3e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  45.5 
 
 
423 aa  345  8e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  40.9 
 
 
421 aa  338  8e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  41.63 
 
 
422 aa  330  4e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  43.81 
 
 
425 aa  325  7e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  40.99 
 
 
522 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 
411 aa  231  1e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 
411 aa  231  2e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 
413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  35.33 
 
 
414 aa  218  2e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  37.53 
 
 
411 aa  216  5e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  34.7 
 
 
428 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  34.25 
 
 
425 aa  208  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  34.81 
 
 
437 aa  208  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  35.53 
 
 
419 aa  194  2e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  33.24 
 
 
446 aa  186  5e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 
439 aa  179  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 
436 aa  178  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  33.8 
 
 
428 aa  177  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 
455 aa  176  8e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.15 
 
 
418 aa  175  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  32.37 
 
 
438 aa  174  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  31.32 
 
 
428 aa  170  4e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  34.32 
 
 
466 aa  169  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 
447 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  27.21 
 
 
422 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  32.97 
 
 
453 aa  164  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 
440 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  30.33 
 
 
434 aa  159  9e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  32.96 
 
 
464 aa  159  1e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 
412 aa  156  7e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  26.33 
 
 
421 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  28.46 
 
 
426 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  29.14 
 
 
433 aa  140  3e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 
423 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  30.28 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  28.77 
 
 
412 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 
363 aa  126  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  26.91 
 
 
419 aa  126  9e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  28.2 
 
 
412 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
412 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  28.61 
 
 
448 aa  111  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 
416 aa  109  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 
416 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.1 
 
 
402 aa  109  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  28.49 
 
 
436 aa  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 
420 aa  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  27.89 
 
 
427 aa  106  8e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 
444 aa  105  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 
465 aa  102  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  28.13 
 
 
437 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 
465 aa  102  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 
465 aa  102  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  29.76 
 
 
419 aa  100  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 
400 aa  100  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
419 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2264  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 
514 aa  99.4  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.337461  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.07 
 
 
436 aa  98.6  2e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0446112  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1095  extracellular solute-binding protein family 1  29.83 
 
 
429 aa  97.8  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0142627  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
419 aa  97.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  28.36 
 
 
437 aa  95.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.73 
 
 
439 aa  93.2  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1855  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 
441 aa  93.2  9e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.5 
 
 
439 aa  91.3  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.55 
 
 
434 aa  91.3  3e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.48952  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 
431 aa  91.7  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 
447 aa  91.3  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 
439 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  25.21 
 
 
724 aa  90.9  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
513 aa  90.5  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 
464 aa  88.6  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  24.56 
 
 
401 aa  86.7  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  25.36 
 
 
407 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11260  lipoprotein (sugar-binding) lpqY  24.32 
 
 
468 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00432408 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 
410 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2482  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
400 aa  84  0.000000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0758562  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
464 aa  81.3  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 
426 aa  80.5  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
412 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 
415 aa  80.1  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 
424 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  25.41 
 
 
449 aa  78.6  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 
438 aa  79  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  23.59 
 
 
436 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 
449 aa  78.6  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0753  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.15 
 
 
454 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0836002  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  29.39 
 
 
458 aa  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
439 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
439 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>