More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6240 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  100 
 
 		 407 aa  830    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  77.5 
 
 		 401 aa  647    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  78 
 
 		 410 aa  650    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4644  extracellular solute-binding protein  80.45 
 
 		 409 aa  664    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0265502  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  28.16 
 
 		 411 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.43 
 
 		 410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 410 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  28.5 
 
 		 410 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  27.2 
 
 		 411 aa  132  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.57 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 		 433 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.61 
 
 		 366 aa  124  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 		 444 aa  113  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  24.58 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  24.58 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0224  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 431 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 424 aa  109  8.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2057  extracellular solute-binding protein family 1  29.03 
 
 		 421 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.112802  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 407 aa  104  3e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.07 
 
 		 415 aa  99.8  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0656  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 		 431 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.31335 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 415 aa  97.8  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4863  extracellular solute-binding protein family 1  29.17 
 
 		 492 aa  96.3  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.426159 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2663  extracellular solute-binding protein family 1  28.61 
 
 		 468 aa  96.3  9e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  27.18 
 
 		 423 aa  95.9  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2535  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 418 aa  94  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.105932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 428 aa  94  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 421 aa  93.2  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 425 aa  92.4  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3669  extracellular solute-binding protein family 1  28.33 
 
 		 492 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 424 aa  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  29.67 
 
 		 412 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  24.87 
 
 		 441 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 410 aa  90.9  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 425 aa  90.5  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 		 461 aa  90.1  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 		 416 aa  90.1  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 416 aa  89  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 445 aa  89.4  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1524  extracellular solute-binding protein family 1  26.58 
 
 		 439 aa  88.2  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  23.9 
 
 		 403 aa  89  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 		 410 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 415 aa  88.2  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  29.26 
 
 		 414 aa  87.8  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  24.54 
 
 		 504 aa  87.8  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 		 436 aa  87.8  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4022  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 431 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3285  hypothetical protein  29.83 
 
 		 431 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3290  ABC glycerol-3-phosphate transporter, periplasmic binding protein, UgpB  28.25 
 
 		 431 aa  87.4  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.06 
 
 		 438 aa  87.4  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 		 419 aa  87  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  23.43 
 
 		 414 aa  86.7  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 459 aa  86.7  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2364  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.3 
 
 		 416 aa  86.7  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5306  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 431 aa  86.3  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 410 aa  86.3  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 413 aa  85.9  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3306  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 431 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1138  extracellular solute-binding protein family 1  28.39 
 
 		 423 aa  85.9  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.443513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 		 437 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 		 427 aa  85.5  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  22.95 
 
 		 427 aa  85.5  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  24.75 
 
 		 445 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06340  maltose-binding periplasmic protein  29.37 
 
 		 409 aa  84.7  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.211092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 420 aa  83.6  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  27.69 
 
 		 458 aa  83.6  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.64 
 
 		 406 aa  83.6  0.000000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 		 423 aa  83.6  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 423 aa  83.2  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 		 419 aa  82.8  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1264  glycerol-3-phosphate-binding periplasmic lipoprotein signal peptide  25.45 
 
 		 438 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.400828  normal  0.517414 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2659  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 		 431 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00136924  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.66 
 
 		 418 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 421 aa  82  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 420 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 420 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  27.89 
 
 		 412 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4733  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  25.19 
 
 		 458 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6664  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1881  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 445 aa  80.9  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000340671  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4045  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 439 aa  80.5  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.661181  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  27.81 
 
 		 419 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2709  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 441 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 423 aa  80.5  0.00000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2252  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 469 aa  80.5  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00844632  hitchhiker  0.0063434 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 464 aa  80.5  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 412 aa  80.1  0.00000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 421 aa  80.1  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0125  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 444 aa  80.1  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 439 aa  80.1  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3750  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 		 433 aa  79.7  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316129  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>