More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5398 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  83.87 
 
 
410 aa  698    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  84.37 
 
 
410 aa  702    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  79.4 
 
 
410 aa  676    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  100 
 
 
403 aa  820    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  34.93 
 
 
453 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 
411 aa  176  7e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  31.83 
 
 
410 aa  161  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4930  extracellular solute-binding protein family 1  29.51 
 
 
419 aa  158  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.265943  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2582  extracellular solute-binding protein family 1  30.14 
 
 
416 aa  154  2.9999999999999998e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  30.02 
 
 
429 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  28.86 
 
 
404 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  26.2 
 
 
410 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  26.2 
 
 
410 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.07 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.06 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 
402 aa  130  3e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  28.1 
 
 
414 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
461 aa  126  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  29.39 
 
 
428 aa  126  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 
415 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  26.76 
 
 
415 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  27.4 
 
 
504 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 
411 aa  119  6e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 
411 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 
399 aa  119  7.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 
420 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0729  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 
443 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000254304  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0501  extracellular solute-binding protein family 1  28.54 
 
 
433 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000488029  hitchhiker  0.0000184856 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  29.22 
 
 
442 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 
455 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 
444 aa  112  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 
411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 
423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
459 aa  110  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
412 aa  109  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 
424 aa  109  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  28.37 
 
 
420 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 
420 aa  108  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 
412 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.87 
 
 
411 aa  107  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  29.01 
 
 
447 aa  107  5e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
411 aa  106  6e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 
412 aa  106  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1807  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 
402 aa  106  8e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
411 aa  106  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 
412 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  27.94 
 
 
427 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0075  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 
441 aa  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0966  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
392 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000011003  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  27.35 
 
 
412 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25.83 
 
 
406 aa  104  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  27.31 
 
 
441 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2680  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 
458 aa  104  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 
428 aa  103  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0984  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
392 aa  104  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000118485  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
421 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
415 aa  103  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
457 aa  103  6e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1438  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 
400 aa  103  6e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000172655  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00380  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 
422 aa  103  8e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 
424 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 
414 aa  102  1e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4644  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 
409 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0265502  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 
395 aa  101  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 
410 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.79 
 
 
366 aa  101  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 
401 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 
432 aa  101  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.03 
 
 
420 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  23.43 
 
 
446 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 
419 aa  100  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 
456 aa  99.8  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
420 aa  99.8  8e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4320  extracellular solute-binding protein family 1  27.15 
 
 
425 aa  99.4  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.811375  hitchhiker  0.00841489 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
420 aa  99.8  9e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.14 
 
 
419 aa  99  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1614  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 
391 aa  99  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000159886  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.62 
 
 
439 aa  99.4  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0596  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
390 aa  99  1e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00439649  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 
410 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 
391 aa  99  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  24.64 
 
 
434 aa  98.2  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 
436 aa  97.4  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 
430 aa  97.1  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 
445 aa  96.7  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04070  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.11 
 
 
444 aa  96.7  7e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 
418 aa  96.3  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0854  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 
398 aa  96.3  8e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.124504  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01810  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.25 
 
 
415 aa  96.3  8e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25 
 
 
431 aa  95.5  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 
407 aa  95.9  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 
414 aa  95.9  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2137  extracellular solute-binding protein family 1  23.85 
 
 
467 aa  95.5  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 
427 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  22.57 
 
 
430 aa  95.1  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 
436 aa  95.5  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  22.57 
 
 
430 aa  95.5  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
430 aa  94  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 
450 aa  94  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 
423 aa  93.2  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>