More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4644 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  81.41 
 
 
407 aa  649    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  78.2 
 
 
401 aa  650    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  78.05 
 
 
410 aa  665    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4644  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
409 aa  832    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0265502  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  29.06 
 
 
411 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.72 
 
 
410 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 
410 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  27.25 
 
 
410 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  25.53 
 
 
433 aa  126  8.000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 
411 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.8 
 
 
407 aa  124  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.6 
 
 
411 aa  123  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  29.17 
 
 
415 aa  122  8e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.63 
 
 
366 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
428 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  24.09 
 
 
410 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  24.09 
 
 
410 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  27.62 
 
 
441 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
424 aa  106  9e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
411 aa  104  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
411 aa  103  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 
407 aa  103  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0656  extracellular solute-binding protein family 1  25.63 
 
 
431 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.31335 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.96 
 
 
403 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6664  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
452 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4863  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 
492 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.426159 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
402 aa  99.4  1e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
425 aa  98.6  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0224  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 
431 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 
412 aa  96.7  6e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  26.72 
 
 
423 aa  96.3  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3669  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 
492 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 
410 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  23.02 
 
 
410 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
444 aa  94.4  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 
410 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 
414 aa  93.2  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2535  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 
418 aa  93.2  7e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.105932  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2057  extracellular solute-binding protein family 1  27.44 
 
 
421 aa  93.2  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.112802  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
415 aa  92.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  28.02 
 
 
435 aa  92.8  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 
427 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  28.63 
 
 
408 aa  91.3  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 
414 aa  91.3  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 
461 aa  90.1  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2873  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 
425 aa  89.7  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
432 aa  89  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
415 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  25.67 
 
 
425 aa  89.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 
416 aa  89  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  27.25 
 
 
431 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 
445 aa  88.6  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 
416 aa  88.6  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 
420 aa  88.2  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.22 
 
 
406 aa  87.8  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 
424 aa  87.4  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 
420 aa  87.4  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 
420 aa  87  5e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
436 aa  86.7  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  29.26 
 
 
414 aa  87  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 
445 aa  87  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2845  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 
439 aa  86.7  7e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
414 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2834  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
459 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.873121  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5306  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 
431 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 
430 aa  84  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  25.27 
 
 
421 aa  82.8  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2663  extracellular solute-binding protein family 1  27.97 
 
 
468 aa  82.8  0.000000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 
418 aa  82.8  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  24.65 
 
 
413 aa  81.6  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1748  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 
481 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.68 
 
 
444 aa  82  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2194  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.39 
 
 
443 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3306  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 
431 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2659  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 
431 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00136924  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  24.13 
 
 
427 aa  81.3  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
414 aa  81.3  0.00000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  28.4 
 
 
415 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1614  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
391 aa  80.9  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000159886  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.9 
 
 
426 aa  80.9  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2582  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
416 aa  80.9  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2052  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 
438 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3386  extracellular solute-binding protein family 1  25.52 
 
 
440 aa  80.5  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
464 aa  80.1  0.00000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 
419 aa  79.7  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 
414 aa  79.7  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1138  extracellular solute-binding protein family 1  26.25 
 
 
423 aa  79.7  0.00000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.443513  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0795  extracellular solute-binding protein family 1  23.94 
 
 
460 aa  79.3  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.215252  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 
437 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 
456 aa  78.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
413 aa  79  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
459 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4733  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  22.65 
 
 
458 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  22.43 
 
 
431 aa  77.8  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 
391 aa  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
395 aa  77.4  0.0000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
437 aa  77.4  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.46 
 
 
438 aa  77.8  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
421 aa  77  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0631  extracellular solute-binding protein family 1  24.9 
 
 
435 aa  77  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>