More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_27350 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 		 444 aa  889    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  63.29 
 
 		 457 aa  587  1e-166  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0063  extracellular solute-binding protein family 1  53.88 
 
 		 475 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0910  extracellular solute-binding protein family 1  44.93 
 
 		 466 aa  353  5e-96  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.764586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2526  extracellular solute-binding protein family 1  33.58 
 
 		 520 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000430481  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5409  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  35.78 
 
 		 457 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1095  extracellular solute-binding protein family 1  34.73 
 
 		 530 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3703  extracellular solute-binding protein family 1  36.32 
 
 		 466 aa  199  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0104923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8464  extracellular solute-binding protein family 1  32.2 
 
 		 481 aa  171  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.635867  normal  0.0842744 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3317  extracellular solute-binding protein  32.69 
 
 		 492 aa  162  7e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000142443  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0175  extracellular solute-binding protein family 1  30.67 
 
 		 458 aa  155  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 		 444 aa  93.6  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 423 aa  92.4  1e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  28.18 
 
 		 428 aa  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 		 412 aa  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 		 412 aa  90.1  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1524  extracellular solute-binding protein family 1  29.76 
 
 		 439 aa  89.4  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0656  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 431 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.31335 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3386  extracellular solute-binding protein family 1  31.16 
 
 		 440 aa  87.8  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3270  extracellular solute-binding protein family 1  33.65 
 
 		 435 aa  88.2  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543416  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 402 aa  87.4  4e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 464 aa  87  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 421 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0224  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 431 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2846  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 		 435 aa  82.8  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.687638 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4644  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 		 409 aa  82  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0265502  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  28.34 
 
 		 415 aa  80.9  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.87 
 
 		 419 aa  80.5  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0637  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 425 aa  78.2  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18880  carbohydrate-binding protein  30.23 
 
 		 460 aa  77.8  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.141989  normal  0.173455 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  32.12 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0631  extracellular solute-binding protein family 1  33.16 
 
 		 435 aa  77  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0845  extracellular solute-binding protein family 1  32.65 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2834  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 459 aa  76.6  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.873121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  31.55 
 
 		 410 aa  76.6  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  26.83 
 
 		 504 aa  76.3  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2845  extracellular solute-binding protein family 1  24.59 
 
 		 439 aa  76.3  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0289  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 437 aa  75.9  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000019091  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1485  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.37 
 
 		 429 aa  75.1  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  28.1 
 
 		 443 aa  74.3  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 401 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0255  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 		 439 aa  73.6  0.000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1696  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00506774  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1711  extracellular solute-binding protein family 1  29.88 
 
 		 454 aa  73.6  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.795485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  24.86 
 
 		 427 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3669  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 416 aa  72.8  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0513  extracellular solute-binding protein family 1  26.87 
 
 		 447 aa  73.2  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.000000038068  hitchhiker  0.000703825 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02930  carbohydrate-binding protein  27.17 
 
 		 426 aa  72.8  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0721  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 437 aa  71.6  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540981  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 		 405 aa  72.4  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5711  sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  25.59 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1520  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.63 
 
 		 430 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2336  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 		 430 aa  71.2  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.193691  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 		 414 aa  70.9  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0127  extracellular solute-binding protein family 1  29.32 
 
 		 442 aa  71.2  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  21.41 
 
 		 445 aa  70.9  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  29.85 
 
 		 410 aa  71.2  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4147  extracellular solute-binding protein family 1  27.86 
 
 		 441 aa  70.9  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.892231  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01287  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.63 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01298  hypothetical protein  26.63 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2315  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.62001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1425  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.63 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  30.6 
 
 		 425 aa  70.1  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.02 
 
 		 438 aa  70.1  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  28.08 
 
 		 441 aa  70.1  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.79 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  27.87 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4863  extracellular solute-binding protein family 1  25.59 
 
 		 492 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.426159 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  34.95 
 
 		 407 aa  69.3  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2244  extracellular solute-binding protein family 1  28.62 
 
 		 455 aa  68.6  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.846858 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 424 aa  68.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  26.27 
 
 		 421 aa  68.2  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.33 
 
 		 430 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 414 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 		 466 aa  67.4  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5306  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 431 aa  67.4  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2659  extracellular solute-binding protein family 1  27.24 
 
 		 431 aa  67  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00136924  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 414 aa  67.4  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0297  extracellular solute-binding protein family 1  29.33 
 
 		 453 aa  67  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0248346 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.61 
 
 		 425 aa  67  0.0000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13799  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 415 aa  66.6  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4993  extracellular solute-binding protein family 1  25.62 
 
 		 432 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450999  normal  0.012477 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3306  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 423 aa  66.2  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4040  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 		 434 aa  65.1  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 393 aa  65.5  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.35 
 
 		 438 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 419 aa  65.1  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1773  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0165592 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 437 aa  64.7  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  24.66 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 445 aa  65.1  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  25.52 
 
 		 422 aa  64.3  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  30.84 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3559  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.725882  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  30.84 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>