More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5711 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5711  sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  100 
 
 		 448 aa  933    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2716  extracellular solute-binding protein  54.44 
 
 		 433 aa  491  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.835001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0748  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 		 453 aa  415  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3456  extracellular solute-binding protein  43.51 
 
 		 444 aa  346  4e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2511  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  32.71 
 
 		 425 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.98381  normal  0.711564 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5582  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 424 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.152115  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.58 
 
 		 456 aa  102  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2876  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 		 451 aa  97.4  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736508 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1085  extracellular solute-binding protein family 1  23.7 
 
 		 451 aa  96.3  9e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.474529 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0752  putative extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 439 aa  93.2  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.31197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 432 aa  93.6  7e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07110  carbohydrate-binding protein  24.1 
 
 		 462 aa  93.6  7e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.666821 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0015  extracellular solute-binding protein family 1  22.87 
 
 		 470 aa  89  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  24.19 
 
 		 441 aa  88.2  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 423 aa  84.3  0.000000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0648  extracellular solute-binding protein family 1  22.86 
 
 		 447 aa  84.3  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2263  extracellular solute-binding protein family 1  22.09 
 
 		 441 aa  81.3  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.431886  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 432 aa  80.5  0.00000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4488  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.395657  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0965  extracellular solute-binding protein family 1  22.74 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0052659 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 		 414 aa  77.8  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 424 aa  77.4  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  22.28 
 
 		 446 aa  75.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3956  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.56 
 
 		 416 aa  76.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.282171  normal  0.0187852 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0894  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 		 470 aa  75.1  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.444762  normal  0.144357 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1966  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 		 430 aa  74.7  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810983  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1732  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 		 415 aa  73.6  0.000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000368486  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  22.04 
 
 		 434 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  24.51 
 
 		 441 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.59 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 435 aa  70.9  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29420  carbohydrate-binding protein  21.36 
 
 		 445 aa  70.9  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 437 aa  70.1  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3240  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 		 448 aa  69.7  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 445 aa  68.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  22.81 
 
 		 436 aa  68.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  20.54 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0714  ABC transporter substrate-binding protein  25.65 
 
 		 429 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2614  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 461 aa  68.9  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000017055  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2037  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 		 430 aa  68.2  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0636  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000210277  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1055  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.404897  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3387  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 447 aa  67.4  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278202  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0427  extracellular solute-binding protein family 1  24.07 
 
 		 497 aa  67  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0984  extracellular solute-binding protein  22.93 
 
 		 392 aa  67  0.0000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000118485  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  22.65 
 
 		 410 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  22.65 
 
 		 410 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.07 
 
 		 439 aa  66.2  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0966  extracellular solute-binding protein  22.93 
 
 		 392 aa  66.2  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000011003  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3317  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 492 aa  65.1  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000142443  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  23.37 
 
 		 432 aa  65.5  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0175  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 458 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 410 aa  65.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2209  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 441 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 420 aa  64.7  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1639  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 463 aa  64.7  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.102178  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  22.2 
 
 		 420 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1750  extracellular solute-binding protein family 1  25.2 
 
 		 448 aa  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000348272 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2502  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 493 aa  64.3  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0701  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 		 432 aa  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3527  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2537  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 		 450 aa  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272028  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18880  carbohydrate-binding protein  24.46 
 
 		 460 aa  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.141989  normal  0.173455 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0097  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 434 aa  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  23.84 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29740  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23 
 
 		 437 aa  63.2  0.000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1264  glycerol-3-phosphate-binding periplasmic lipoprotein signal peptide  23.77 
 
 		 438 aa  63.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.400828  normal  0.517414 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 		 421 aa  62.8  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3870  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.1 
 
 		 438 aa  62.8  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0661  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 415 aa  62.8  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000689748  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 416 aa  62  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 407 aa  62  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3132  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.4 
 
 		 395 aa  62  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559599  normal  0.0111617 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  23.87 
 
 		 428 aa  62.4  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  23.7 
 
 		 443 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0712  extracellular solute-binding protein family 1  21.33 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.518168  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 451 aa  62  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3732  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.05 
 
 		 438 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.05 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 437 aa  61.2  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5465  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 434 aa  61.6  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.355429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6664  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 452 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  22.43 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2624  extracellular solute-binding protein  22.06 
 
 		 444 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0729  extracellular solute-binding protein family 1  28.11 
 
 		 443 aa  60.8  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000254304  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03302  glycerol-3-phosphate transporter subunit  23.81 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0262  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0263  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3650  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4767  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.552805 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03255  hypothetical protein  23.81 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.14 
 
 		 406 aa  60.5  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3590  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 438 aa  59.7  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000122441  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3292  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.309737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>