146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0965 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0965  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
455 aa  922    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0052659 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  52.15 
 
 
456 aa  462  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1085  extracellular solute-binding protein family 1  37.47 
 
 
451 aa  267  2e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.474529 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2876  extracellular solute-binding protein family 1  35.33 
 
 
451 aa  259  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736508 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0015  extracellular solute-binding protein family 1  36.66 
 
 
470 aa  257  3e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07110  carbohydrate-binding protein  33.26 
 
 
462 aa  247  4e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.666821 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29420  carbohydrate-binding protein  36.57 
 
 
445 aa  246  6.999999999999999e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0752  putative extracellular solute-binding protein  33.42 
 
 
439 aa  238  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.31197  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5582  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
424 aa  213  5.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.152115  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2263  extracellular solute-binding protein family 1  30.64 
 
 
441 aa  189  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.431886  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  30.34 
 
 
441 aa  151  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2511  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  28.81 
 
 
425 aa  127  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.98381  normal  0.711564 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3456  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 
444 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0648  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 
447 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0427  extracellular solute-binding protein family 1  26.12 
 
 
497 aa  106  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0178  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 
449 aa  92.4  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4488  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
434 aa  89.7  9e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.395657  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2716  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
433 aa  88.6  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.835001  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2209  extracellular solute-binding protein family 1  21.93 
 
 
487 aa  85.5  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 
437 aa  83.2  0.000000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5711  sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  22.67 
 
 
448 aa  80.5  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0748  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 
453 aa  77  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  26.82 
 
 
459 aa  74.3  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1522  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
421 aa  71.2  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.569671  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.05 
 
 
407 aa  70.1  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7695  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.03 
 
 
435 aa  64.3  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.397837  normal  0.53163 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  28.77 
 
 
410 aa  64.3  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  24.34 
 
 
415 aa  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2546  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
488 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.39868  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  22.97 
 
 
414 aa  62  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01220  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.17 
 
 
466 aa  61.6  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2338  maltose-binding periplasmic protein precursor  22.56 
 
 
408 aa  61.6  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2652  putative maltose/maltodextrin ABC transporter, maltose/maltodextrin-binding protein  22.91 
 
 
408 aa  60.5  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2818  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 
488 aa  60.1  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179577  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2451  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 
449 aa  58.5  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.135643  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  22.43 
 
 
410 aa  56.2  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  22.43 
 
 
410 aa  56.2  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  22.49 
 
 
432 aa  55.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20470  extracellular solute-binding protein family 1  21.32 
 
 
406 aa  55.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000403753  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1732  extracellular solute-binding protein family 1  22.98 
 
 
415 aa  55.5  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000368486  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 
428 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  25.59 
 
 
448 aa  53.9  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0955  extracellular solute-binding protein family 1  23.76 
 
 
437 aa  53.9  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.152307 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2315  extracellular solute-binding protein family 1  20.46 
 
 
503 aa  53.5  0.000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3000  extracellular solute-binding protein family 1  22.63 
 
 
450 aa  53.1  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 
411 aa  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06270  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.12 
 
 
426 aa  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.14 
 
 
464 aa  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0199  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 
423 aa  51.6  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.136897  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0205  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 
423 aa  51.6  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2799  extracellular solute-binding protein  22.11 
 
 
453 aa  51.6  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.357786  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 
444 aa  51.6  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0075  extracellular solute-binding protein family 1  22.92 
 
 
441 aa  50.4  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25 
 
 
431 aa  50.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0729  extracellular solute-binding protein family 1  22.81 
 
 
443 aa  50.4  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000254304  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0636  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 
415 aa  50.1  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000210277  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3858  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
449 aa  50.1  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000022263  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
424 aa  49.7  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3132  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.42 
 
 
395 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559599  normal  0.0111617 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1548  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.16 
 
 
438 aa  49.7  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000392798  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2049  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 
438 aa  48.9  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.266449  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0183  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 
429 aa  49.3  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3106  ABC transporter, substrate binding periplasmic component  24.08 
 
 
408 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 
416 aa  48.9  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1181  extracellular solute-binding protein  21.56 
 
 
413 aa  48.9  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000595288  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.52 
 
 
447 aa  48.5  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 
453 aa  48.9  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5204  extracellular solute-binding protein family 1  20.92 
 
 
440 aa  49.3  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306263 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3042  extracellular solute-binding protein  22.53 
 
 
406 aa  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0658677  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1490  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.08 
 
 
442 aa  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.095095  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5099  extracellular solute-binding protein family 1  23.63 
 
 
444 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.291523  normal  0.0224239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1276  extracellular solute-binding protein family 1  20 
 
 
417 aa  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000485827  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
420 aa  47.8  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 
424 aa  47.4  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0186  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 
397 aa  47.4  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  23.03 
 
 
457 aa  47.4  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3329  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
431 aa  47.4  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0332045  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0661  extracellular solute-binding protein  22.28 
 
 
415 aa  47.4  0.0006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000689748  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4083  extracellular solute-binding protein family 1  22.36 
 
 
417 aa  47  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0744  extracellular solute-binding protein  22.6 
 
 
432 aa  47  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0587531  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3394  ABC-type sugar transport systems permease component  24.05 
 
 
411 aa  47  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498756  normal  0.24931 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2574  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 
401 aa  47  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000602333  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  24.88 
 
 
421 aa  46.6  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1500  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
393 aa  46.6  0.0008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
429 aa  46.6  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  19.8 
 
 
442 aa  47  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
415 aa  47  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4863  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 
492 aa  46.6  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.426159 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0849  extracellular solute-binding protein  21.49 
 
 
434 aa  46.6  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0177782  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  21.45 
 
 
427 aa  45.8  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2582  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 
416 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  22.83 
 
 
430 aa  45.8  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00380  extracellular solute-binding protein family 1  22.31 
 
 
422 aa  46.2  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01810  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.9 
 
 
415 aa  45.4  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 
445 aa  45.8  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1438  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
400 aa  45.8  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000172655  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  22.74 
 
 
422 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1750  extracellular solute-binding protein family 1  25.2 
 
 
448 aa  45.4  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000348272 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  22.83 
 
 
427 aa  45.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  21.95 
 
 
419 aa  45.8  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>