More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3456 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3456  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
444 aa  922    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5711  sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  43.51 
 
 
448 aa  357  2.9999999999999997e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2716  extracellular solute-binding protein  43.51 
 
 
433 aa  352  5.9999999999999994e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.835001  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0748  extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 
453 aa  290  3e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2511  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  31.4 
 
 
425 aa  216  5.9999999999999996e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.98381  normal  0.711564 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1085  extracellular solute-binding protein family 1  26.96 
 
 
451 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.474529 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5582  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 
424 aa  126  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.152115  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2876  extracellular solute-binding protein family 1  28.21 
 
 
451 aa  124  4e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736508 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0965  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 
455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0052659 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  28.87 
 
 
441 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.94 
 
 
456 aa  113  6e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07110  carbohydrate-binding protein  24.7 
 
 
462 aa  103  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.666821 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0648  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 
447 aa  103  7e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0015  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 
470 aa  98.6  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0427  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
497 aa  97.8  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2263  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 
441 aa  95.5  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.431886  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4488  extracellular solute-binding protein family 1  28.26 
 
 
434 aa  94.7  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.395657  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0752  putative extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 
439 aa  92.8  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.31197  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0178  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 
449 aa  87.4  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0636  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
415 aa  84.3  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000210277  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0117  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.67 
 
 
444 aa  84  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2209  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 
487 aa  84  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0661  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
415 aa  82  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000689748  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3856  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.57 
 
 
440 aa  80.1  0.00000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.64819 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
437 aa  80.1  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0125  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.24 
 
 
444 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2535  extracellular solute-binding protein family 1  23.95 
 
 
418 aa  77  0.0000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.105932  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29420  carbohydrate-binding protein  22.12 
 
 
445 aa  76.6  0.0000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1732  extracellular solute-binding protein family 1  22.35 
 
 
415 aa  75.5  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000368486  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03302  glycerol-3-phosphate transporter subunit  23.46 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0262  extracellular solute-binding protein family 1  23.46 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3650  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.46 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4767  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.46 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.552805 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3870  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.46 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0263  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.46 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03255  hypothetical protein  23.46 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3931  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.29 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 
448 aa  73.6  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0234  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.51 
 
 
439 aa  72.4  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.500336 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 
424 aa  72  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2057  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 
421 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.112802  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3732  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.71 
 
 
438 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0862  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
437 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.597127 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.19 
 
 
407 aa  71.6  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3826  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.92 
 
 
438 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3759  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.92 
 
 
438 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3869  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.92 
 
 
438 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
415 aa  70.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 
424 aa  70.5  0.00000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3928  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.71 
 
 
438 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0791  extracellular solute-binding protein family 1  23.91 
 
 
437 aa  69.3  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.721808  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3748  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.43 
 
 
438 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3386  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 
440 aa  67.8  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0955  extracellular solute-binding protein family 1  23.71 
 
 
437 aa  67.4  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.152307 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 
408 aa  67.4  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4045  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  24.49 
 
 
439 aa  66.6  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.661181  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3861  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.95 
 
 
439 aa  66.6  0.0000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  20.22 
 
 
414 aa  65.9  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3650  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 
436 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.144474  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.89 
 
 
444 aa  65.1  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1548  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  21.69 
 
 
438 aa  64.7  0.000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000392798  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4134  extracellular solute-binding protein family 1  25.6 
 
 
437 aa  64.7  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0349  glycerol-3-phosphate ABC transporter, periplasmic glycerol-3-phosphate-binding protein  22.66 
 
 
441 aa  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  23.11 
 
 
441 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  22.58 
 
 
410 aa  63.5  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  22.58 
 
 
410 aa  63.5  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0857  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 
437 aa  63.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.221606 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.15 
 
 
410 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 
414 aa  62.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3119  extracellular solute-binding protein family 1  26.4 
 
 
428 aa  62  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4190  extracellular solute-binding protein  21.84 
 
 
431 aa  62  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3527  extracellular solute-binding protein family 1  23.42 
 
 
436 aa  61.2  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0298  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.04 
 
 
444 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2845  extracellular solute-binding protein family 1  22.57 
 
 
439 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3270  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 
435 aa  60.8  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6664  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 
452 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  19.85 
 
 
427 aa  61.2  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2052  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 
438 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2712  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.57 
 
 
443 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.290307  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0395  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.57 
 
 
443 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.954301  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3492  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.43 
 
 
444 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0374  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.57 
 
 
444 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1017  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
417 aa  60.5  0.00000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0416471  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0314  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.63 
 
 
444 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0323  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  22.25 
 
 
444 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.839712 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.52 
 
 
411 aa  59.7  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.52 
 
 
366 aa  59.3  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
411 aa  59.7  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.67 
 
 
410 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2049  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 
438 aa  58.9  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.266449  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2418  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
447 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  28.51 
 
 
419 aa  58.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 
445 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3655  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.01 
 
 
439 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 
410 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1522  extracellular solute-binding protein family 1  20.94 
 
 
421 aa  58.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.569671  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  21.5 
 
 
461 aa  58.2  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 
414 aa  58.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0061  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 
462 aa  58.2  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0256  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  23.01 
 
 
439 aa  57.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>