117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_07110 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_07110  carbohydrate-binding protein  100 
 
 		 462 aa  941    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.666821 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0015  extracellular solute-binding protein family 1  54.23 
 
 		 470 aa  499  1e-140  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29420  carbohydrate-binding protein  55.79 
 
 		 445 aa  455  1e-127  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2876  extracellular solute-binding protein family 1  41.99 
 
 		 451 aa  374  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736508 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1085  extracellular solute-binding protein family 1  43.75 
 
 		 451 aa  364  1e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.474529 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2263  extracellular solute-binding protein family 1  40.66 
 
 		 441 aa  318  9e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.431886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  35.1 
 
 		 456 aa  260  3e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0965  extracellular solute-binding protein family 1  33.83 
 
 		 455 aa  234  2.0000000000000002e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0052659 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0752  putative extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 439 aa  230  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.31197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5582  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 424 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.152115  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  28.22 
 
 		 441 aa  149  7e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0648  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 		 447 aa  134  3e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2511  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  24.45 
 
 		 425 aa  117  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.98381  normal  0.711564 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4488  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 		 434 aa  111  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.395657  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0748  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 453 aa  109  8.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2716  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 433 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.835001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2209  extracellular solute-binding protein family 1  22.65 
 
 		 487 aa  97.1  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3456  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 444 aa  94  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5711  sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  24.1 
 
 		 448 aa  93.6  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0178  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 		 449 aa  92  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 		 437 aa  86.7  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0427  extracellular solute-binding protein family 1  23.25 
 
 		 497 aa  80.1  0.00000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  24.15 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  22.54 
 
 		 444 aa  76.6  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1732  extracellular solute-binding protein family 1  22.32 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000368486  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0636  extracellular solute-binding protein  21.36 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000210277  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0661  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 415 aa  66.6  0.0000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000689748  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  23.33 
 
 		 432 aa  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 		 442 aa  66.2  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.68 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  23.17 
 
 		 427 aa  62  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.57 
 
 		 407 aa  60.5  0.00000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  22.12 
 
 		 461 aa  58.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  22.52 
 
 		 457 aa  58.9  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5349  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 		 406 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.535832 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4320  extracellular solute-binding protein family 1  21.41 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.811375  hitchhiker  0.00841489 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  26.48 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  22.93 
 
 		 448 aa  57.8  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 455 aa  57.4  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  21.08 
 
 		 423 aa  57  0.0000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3430  extracellular solute-binding protein family 1  28.98 
 
 		 415 aa  57  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  20.07 
 
 		 422 aa  56.6  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  24.2 
 
 		 445 aa  56.2  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1522  extracellular solute-binding protein family 1  21.8 
 
 		 421 aa  55.8  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.569671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 		 447 aa  55.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3222  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 457 aa  54.7  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.950328  normal  0.818094 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0955  extracellular solute-binding protein family 1  21 
 
 		 437 aa  54.7  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.152307 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 		 418 aa  54.3  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  19.71 
 
 		 415 aa  53.5  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1927  extracellular solute-binding protein family 1  31.67 
 
 		 439 aa  53.5  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.93 
 
 		 464 aa  53.5  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1017  extracellular solute-binding protein  20.65 
 
 		 417 aa  52.8  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0416471  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 		 430 aa  52.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06270  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.93 
 
 		 426 aa  52.4  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 		 459 aa  51.6  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  21.12 
 
 		 436 aa  50.8  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 466 aa  50.8  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4621  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 		 413 aa  50.8  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2738  extracellular solute-binding protein  21.23 
 
 		 438 aa  50.8  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.345118  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  21.24 
 
 		 424 aa  50.4  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 435 aa  50.4  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.6 
 
 		 449 aa  50.8  0.00006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0270  extracellular solute-binding protein  20.68 
 
 		 419 aa  50.4  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.562219  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0322  extracellular solute-binding protein  21.2 
 
 		 419 aa  49.7  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0437  extracellular solute-binding protein family 1  24.05 
 
 		 424 aa  49.7  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000010114  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0513  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 		 447 aa  49.7  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.000000038068  hitchhiker  0.000703825 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 419 aa  49.3  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12078  sugar-binding lipoprotein  24.68 
 
 		 439 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  23.6 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01810  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.92 
 
 		 415 aa  48.9  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2049  extracellular solute-binding protein family 1  22.03 
 
 		 438 aa  48.9  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.266449  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  21.2 
 
 		 416 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  21.04 
 
 		 416 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0849  extracellular solute-binding protein  20.8 
 
 		 434 aa  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0177782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 421 aa  47.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0340  extracellular solute-binding protein  20.42 
 
 		 419 aa  47.8  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5074  extracellular solute-binding protein family 1  23.94 
 
 		 447 aa  47.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4015  extracellular solute-binding protein family 1  25.51 
 
 		 428 aa  47.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.946152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3124  extracellular solute-binding protein family 1  22.86 
 
 		 429 aa  47.8  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0621948 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4566  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 453 aa  47  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 419 aa  47.4  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 		 426 aa  47  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 424 aa  46.6  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  22.28 
 
 		 395 aa  47  0.0008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0113  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 455 aa  46.6  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.270734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1181  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 413 aa  46.2  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000595288  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  19.76 
 
 		 420 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0499  extracellular solute-binding protein family 1  29.34 
 
 		 434 aa  46.2  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000057577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4344  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 		 428 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0302279  hitchhiker  0.00000351134 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4930  extracellular solute-binding protein family 1  24.59 
 
 		 419 aa  45.8  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.265943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0910  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 		 466 aa  45.1  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.764586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3290  ABC glycerol-3-phosphate transporter, periplasmic binding protein, UgpB  26.11 
 
 		 431 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4022  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 431 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0656  extracellular solute-binding protein family 1  20.67 
 
 		 431 aa  45.1  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.31335 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3324  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 427 aa  44.7  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000420771  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3329  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 431 aa  44.3  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0332045  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0556  extracellular solute-binding protein family 1  29.85 
 
 		 430 aa  44.7  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.71623 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0125  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  20.51 
 
 		 444 aa  44.3  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>