More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5582 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5582  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
424 aa  867    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.152115  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1085  extracellular solute-binding protein family 1  34.09 
 
 
451 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.474529 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0965  extracellular solute-binding protein family 1  32.92 
 
 
455 aa  213  5.999999999999999e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0052659 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.85 
 
 
456 aa  207  4e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0752  putative extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 
439 aa  207  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.31197  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0015  extracellular solute-binding protein family 1  32.85 
 
 
470 aa  186  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29420  carbohydrate-binding protein  31.61 
 
 
445 aa  182  7e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07110  carbohydrate-binding protein  28.88 
 
 
462 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.666821 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2876  extracellular solute-binding protein family 1  29.81 
 
 
451 aa  176  6e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736508 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2263  extracellular solute-binding protein family 1  31.79 
 
 
441 aa  174  3.9999999999999995e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.431886  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  30.42 
 
 
441 aa  152  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0648  extracellular solute-binding protein family 1  27.08 
 
 
447 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2511  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  25.84 
 
 
425 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.98381  normal  0.711564 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2716  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
433 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.835001  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3456  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 
444 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2209  extracellular solute-binding protein family 1  27.97 
 
 
487 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4488  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 
434 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.395657  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5711  sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  24.06 
 
 
448 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0178  extracellular solute-binding protein family 1  26.1 
 
 
449 aa  97.4  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0636  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
415 aa  97.8  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000210277  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0661  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
415 aa  97.1  5e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000689748  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1732  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 
415 aa  92.4  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000368486  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 
414 aa  92.8  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 
437 aa  90.1  7e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0748  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
453 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0427  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 
497 aa  81.6  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06270  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.45 
 
 
426 aa  73.9  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  29.14 
 
 
410 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  22.68 
 
 
415 aa  73.6  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  23.68 
 
 
410 aa  73.2  0.000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  28.81 
 
 
410 aa  73.2  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  23.68 
 
 
410 aa  73.2  0.000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  28.75 
 
 
427 aa  72  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 
410 aa  71.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  25.91 
 
 
414 aa  70.9  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1453  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 
415 aa  70.1  0.00000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0104666  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 
455 aa  70.1  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.61 
 
 
439 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1522  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
421 aa  68.6  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.569671  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0712  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 
397 aa  68.9  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.518168  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1696  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 
436 aa  67.8  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00506774  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5349  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 
406 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.535832 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 
423 aa  66.6  0.0000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03906  maltose ABC transporter periplasmic protein  28.11 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3962  extracellular solute-binding protein family 1  28.11 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3995  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.71 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0495972  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03866  hypothetical protein  28.11 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
422 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5515  maltose ABC transporter periplasmic protein  28.11 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.241432  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4496  maltose ABC transporter periplasmic protein  28.11 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4274  maltose ABC transporter periplasmic protein  28.11 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  29.08 
 
 
459 aa  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4586  maltose ABC transporter periplasmic protein  28.11 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  22.86 
 
 
430 aa  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4138  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  28.94 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00348898  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3922  maltosaccharide ABC transporter maltosaccharide-binding protein  28.94 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0134813  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3754  maltose-maltodextrin ABC-related solute binding protein  28.94 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000542287  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3770  maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  28.94 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000087749  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4229  maltosaccharide ABC transporter maltosaccharide-binding protein  28.94 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.749727  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4421  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.71 
 
 
396 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100315 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
412 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4572  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.71 
 
 
396 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0168981 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1511  extracellular solute-binding protein family 1  25.58 
 
 
424 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
412 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4623  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.71 
 
 
396 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.108824 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2451  extracellular solute-binding protein family 1  29.69 
 
 
449 aa  65.5  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.135643  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4486  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.71 
 
 
396 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4119  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  28.94 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000674051  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4571  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.71 
 
 
396 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.552535  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26 
 
 
419 aa  65.5  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4032  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  28.94 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  29.15 
 
 
448 aa  65.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4064  maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein, putative  28.94 
 
 
419 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0421403  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.3 
 
 
426 aa  64.7  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 
419 aa  64.3  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3841  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
419 aa  64.3  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000013033  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4083  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 
417 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 
440 aa  63.9  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0238  maltose ABC transporter periplasmic protein  28.11 
 
 
396 aa  63.5  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.941451 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3914  maltose ABC transporter periplasmic protein  26.21 
 
 
403 aa  63.5  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0378  maltose ABC transporter periplasmic protein  26.21 
 
 
403 aa  63.5  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0306  maltose ABC transporter periplasmic protein  26.21 
 
 
403 aa  63.5  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000110695  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 
412 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 
414 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1120  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  27.49 
 
 
419 aa  63.2  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000383609  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.03 
 
 
407 aa  62.4  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4993  extracellular solute-binding protein family 1  32.88 
 
 
432 aa  62.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450999  normal  0.012477 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0322  extracellular solute-binding protein  22.68 
 
 
419 aa  62.4  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  25.75 
 
 
442 aa  63.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4621  extracellular solute-binding protein family 1  30.7 
 
 
413 aa  62.8  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 
434 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4472  maltose ABC transporter periplasmic protein  26.59 
 
 
397 aa  61.6  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 
412 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
414 aa  62  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  24.64 
 
 
440 aa  62.4  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0340  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 
419 aa  62  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  29.63 
 
 
447 aa  62.4  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  30.11 
 
 
450 aa  62.4  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4148  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
426 aa  62  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0472509  normal  0.106363 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 
436 aa  61.6  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>